Практикум 2. Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев

В данном практикуме было выполнено выравнивание последовательностей цитохромов B и реконструировано филогенетичсекое дерево тремя способами:

1. Программой fastme с оценкой эволюционных расстояний как p-distance

2. Программой fastme с оценкой эволюционных расстояний с помощью MtREV

3. Программой iqtree с параметрами по умолчанию

Выравнивание было выполнено с помощью программы muscle на kodomo.

Реконструирование дерева с помощью fastme было выполнено с помощью команд:

fastme -i cyb.phy -o ppp.tre -pp

fastme -i cyb.phy -o mmm.tre -pM

Реконструирование дерева с помощью iqtree было выполнено с помощью команды:

iqtree -s cyb.phy

Изображение реконстрированных деревьев

Рис 1. Филогенетическое дерево, построенное с помощью NCBI Taxonomy. Визуализировано с помощью сервиса iTOL.
Рис 2. Филогенетическое дерево, построенное программой fastme с моделью p-distance.. Визуализировано с помощью сервиса iTOL.
Рис 3. Филогенетическое дерево, построенное программой fastme с моделью MtREV. Визуализировано с помощью сервиса iTOL.
Рис 4. Филогенетическое дерево, построенное программой iqtree. Визуализировано с помощью сервиса iTOL.

Все три реконтруированных дерева оказались очень похожи.

Ошибочно не реконструированные клады:

1. (LANLU,(CYAST,CORBR));

2.((CARPF,FALSP),(CATGU,(LANLU,(CYAST,CORBR)));

3.((ANTVI,ANTVP),((CARPF,FALSP),(CATGU,(LANLU,(CYAST,CORBR))));

Ошибочно реконструированнные клады:

1.(LANLU,CATGU);

2.((ANTVI,ANTVP),(CARPF,FALSP));

3.((NUMME,(CHICK,PAVMU)),((ANTVI,ANTVP),(CARPF,FALSP)));