Козак последовательность
Последовательность Козак - консенсусная последовательность нуклеотидов 5'-нетранслируемой области (5’UTR) мРНК эукариот, окружающая старт-кодон и важная для инициации трансляции.
Консенсусная последовательность была впервые описана Мэрилин Козак в 1986 году.
1. Носителем сигнала является мРНК(включает 4-6 нуклеотидов, предшествующих старт-кодону, и один-два нуклеотида непосредственно после старт-кодона).
2. Сигнал распознаётся малой субъединицей рибосомы (40S) в комплексе с факторами инициации трансляции (eIF1, eIF1A, eIF2, eIF3, eIF5). (После связывания с мРНК рибосома сканирует её в направлении 5'→3' в поисках старт-кодона AUG, окружённого оптимальным контекстом Козак-последовательности.)
3. Козак последовательность создает контекст для правильного рапознавания старт-кодона.
4. Вероятно, сила сигнала зависит от соответсия Козак-последовательности консенсусу.
5. Примеры Козак-последовательностей: у позвоночных - gccRccATGG; у дрожжей - aAaAaAATGTCt; у растений - AACAATGGC.
Литература:
1.Alberts B. et al. (2014). Molecular Biology of the Cell . 6th Edition. Garland Science. (Глава "Gene Expression: Translation")
2.Kozak M. (1987). "An analysis of 5'-noncoding sequences from 699 vertebrate messenger RNAs." Nucleic Acids Research , 15(20), 8125–8148. DOI: 10.1093/nar/15.20.8125
3.https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%BE%D0%BD%D1%81%D0%B5%D0%BD%D1%81%D1%83%D1%81%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%BF%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C_%D0%9A%D0%BE%D0%B7%D0%B0%D0%BA
Сервис для поиска Козак-последовательности:
ATGpr (Prediction of Translation Initiation ATG) - https://atgpr.dbcls.jp/
ATGpr ищет старт-кодон, анализируя его контекст, чтобы определить, насколько он похож на классическую Козак последовательность(особенно позиции -3R и +4G). Он использует машинное обучение, весовые матрицы и статистические модели для оценки вероятности, что данный ATG является истинным страт кодоном. На выходе человек получает вероятность того, что данный ATG является настоящим старт-кодоном и анализ контекстных мотивов(Козак-последовательность).
