Последовательность Шайна-Дольгарно.
Сигнал Шайна-Дольгарно — это короткая консенсусная последовательность в мРНК прокариот, которая взаимодействует с комплементарной областью 16S рРНК при инициации трансляции.
В данном практикуме работа проводилась с бактерией Rickettsia asiatica.
Цель данного практикума найти потенциальные сайты связывания рибосом (Shine-Dalgarno) в 5'-областях генов (промоторах), используя MEME Suite (MEME и FIMO), и оценить статистическую значимость находок с использованием контрольной выборки — межгенных участков.
1.Подготовка промоторных регионов и межгенных участков
Из NCBI были скачаны FASTA и GFF3 файлы для Rickettsia asiatica
Участки промоторных регионов(50-100 нуклеотидов перед старт-кодоном (ATG) всех генов) и межгенные регионы в качестве контрольной группы(такой же длины, как промоторные регионы) из генома бактерии Rickettsia asiatica были выделены с помощью скрипта, доступного по ссылке
2. Поиск мотивов de novo с помощью MEME
Был выполнен с помощью следующей команды:
meme promoters.fa -dna -mod zoops -nmotifs 5 -minw 4 -maxw 12 -oc meme_results
Ссылка на выдачу meme в формате txt
Было найдено пять мотивов, Logo которых представлены на рисунке 1. Им соответствуют E-value, равные 7.5e-174, 2.9e-163, 6.7e-103, 1.5e-095, 2.1e-034.
К сожалению, не получилось найти мотивы, которые были бы очень похожи на последовательность Шайна-Дольгарно, например у Escherichia coli - AGGAGGU.
Риккетсии — внутриклеточные паразиты с редуцированным геномом, поэтому вероятно, что их SD-последовательность менее консервативна, чем у свободноживущих бактерий.
Выдача FIMO(в формате tsv) доступна по ссылкам: промоторные области, контроль
К сожалению, статистически значимых находок, которые бы втречались приемущественно в промоторных областях найти не удалось.