Указания к занятию 3

 
     

 

Выравнивания принято представлять в виде специальным образом организованного текста:
   1) выравнивание разбивается на блоки определенной длины (это удобно для вывода на монитор или на печать длинных выравниваний);
   2) если выравнивание является частью документа Word, необходимо выбрать шрифт с постоянной шириной символа, например, Courier; в HTML-документы выравнивания, как правило, вставляются в виде преформатированного (тег <PRE>) текста;
   3) над выравниванием в специальной строке часто указываются номера позиций выравнивания (с интервалом через 5, 10 или 20 букв); нередко в начале и конце каждого блока указываются номера букв в последовательностях (из-за присутствия гэпов номера букв в последовательностях как правило не совпадают с номерами соответсвующих позиций выравнивания);
   4) под выравниванием часто приводят строку, символы которой характеризуют отдельные колонки, например консенсусную последовательность.

Существуют специальные редакторы выравниваний, например, GeneDoc. GeneDoc создает и читает файлы *.msf. Файлы этого формата (Multi-Sequence Format) являются текстовыми и могут быть просмотрены, например, Viewer'ом Far'а; в то же время редактировать их "руками" нельзя. GeneDoc может импортировать данные из других форматов, в том числе Fasta. GeneDoc не только позволяет редактировать само выравнивание, но и помогает его визуальному анализу, например, позволяет раскрашивать интересующие пользователя колонки или отдельные буквы.

Основы работы с GeneDoc

  1. Для создания нового файла в формате MSF используйте "File"→"New", затем импортируйте ваши данные, а после окончания работы сохраните выравнивание ("File"→"Save As").

     

  2. Импорт последовательностей

    Для импорта последовательностей в одном из стандартных форматов (например, Fasta) используйте "File"→"Import", отмечаете нужный формат и нажимаете "Import", после чего выбираете файл(ы) с последовательностями. Когда импорт завершен, нажимаете "Done". Тем самым, прежде чем импортировать последовательности, необходимо поместить их в файлы соответствующего формата.

     

  3. Как выравнивать последовательности?

    Первый способ. Выполните двойной щелчок левой кнопкой мыши по букве. После этого можно использовать клавиши Ins и Del для, соостветственно, вставки и удаления гэпов; стрелки   для перемещения.
    Второй способ. Нажмите <Ctrl+A>, после чего можно "цеплять" мышью часть последовательности и двигать её вправо или влево.

     

  4. Раскраска выравнивания

    Меню "Shade" позволяет менять способы раскраски.
    "Shade" → "Clear all shading" служит для снятия любой раскраски.
    При выполнении задания 3 необходимо снять флажок "Enable Similarity Group" в меню "Shade".
    "Shade" → "Conservation mode" откроет таблицу, которая позволит Вам выбрать желаемый тип совпадения ("Conserved"), цвет буквы и цвет фона ("Primary colours").
    "Уровень раскраски" (shade levels) подберите экспериментально, используя кнопки "0", "2", "3", "4" в третьей строчке панели управления. Добейтесь того, чтобы программа закрашивала те столбцы, в которых аминокислотные остатки в 2-х последовательностях совпадают.

     

  5. Прочее

    "Project"→"Configure" откроет таблицы для конфигурации. Здесь Вы найдете все: и длину блока, и наличие консенсуса, и интервал разметки, и многое другое...