| |
|
|
Построение выравнивания двух коротких
искусственных последовательностей.
С помощью редактора FAR создайте в рабочей директории файл first_aln.txt,
а в нём — выравнивание двух последовательностей.
В качестве первой последовательности возьмите первые 60 букв
из последовательности своего белка; в качестве второй —
её искуственно измененный вариант из
списка.
Вычисление "веса" выравнивания
Добавьте к выравниванию, полученному
при выполнении задания 1, третью строчку, содержащую следующие символы:
звездочку *, если буквы в данной позиции совпали,
точку, если они разные, и минус –, если одна из последовательностей
содержит гэп.
Вычислите число, называемое "весом", для вашего выравнивания.
Вес вычисляйте по формуле:
W = M – X – G
где M — число позиций выравнивания, в которых обе буквы
одинаковы; X — число позиций выравнивания, в которых буквы
разные, G — число гэпов. Запишите значение веса
в файл first_aln.txt (ниже самого выравнивания).
(*) Можно ли изменить ваше выравнивание так, чтобы вес увеличился
(запишите в протоколе)?
Построение выравнивания двух реальных последовательностей.
С помощью редактора GeneDoc постройте выравнивание аминокислотных
последовательностей своего белка и его гомолога из генома
Vibrio cholerae
(задания 4 и 5 прошлого занятия).
Если в Vibrio cholerae гомолога не нашлось,
берите из Yersinia pestis или другой гамма-протеобактерии,
кроме самой E.coli и её штаммов.
Стремитесь к тому, чтобы число совпадений было максимально.
Результат сохраните в файле second_aln.msf
в формате MSF.
Выравнивание (при просмотре его в GeneDoc)
должно иметь следующую конфигурацию:
а) длина блока — 60 символов;
б) указаны номера остатков в начале и конце блоков;
в) помечены позиции выравнивания через каждые 5;
г) совпадающие остатки выделены цветом: темно-синим — буквы,
красным — фон;
е) внизу есть консенсусная последовательность.
См. указания. Не забудьте составить краткий протокол
с описанием того, что именно содержится в созданных Вами файлах
(в частности, что за гомолог использован в задании 2).
| |