Указания к занятию 7

  
     

 

Вам понадобятся команды UNIX, краткий список которых имеется здесь.

Чтобы программой needle построить выравнивание последовательностей из файлов a.fasta и b.fasta и результат сохранить в файле c.needle, необходимо:

  1. сделать текущей директорию, в которой лежат входные файлы;
  2. выполнить команду 
     needle a.fasta b.fasta c.needle -auto
    Вводить имена уже существующих (т.е., входных) файлов удобно, пользуясь клавишей <Tab> (см. задание 3 занятия 5).
При таком запуске программы всем параметрам будут приданы значения по умолчанию (эти значения можно найти в выходном файле).

Чтобы запустить needle с другими значениями штрафов за открытие и удлинение гэпа, надо опустить -auto, тогда программа спросит вас о значениях этих параметров.

Чтобы программа matcher выдала n вариантов локального выравнивания, надо выполнить команду: 

 matcher a.fasta b.fasta c.matcher -alt n
(естественно, вместо n надо подставить конкретное целое число). Вместо -alt n можно написать -options, тогда программа спросит вас обо всех параметрах, в том числе и количестве альтернатив.

Программу dotmatcher в текущей версии EMBOSS придется запускать так: 

dotmatcher a.fasta b.fasta -graph cps -xygraph none -options
программа спросит вас об опциях и сохранит рисунок в postscript-формате в файле dotmatcher.ps