| |
|
|
Для выполнения задания подготовьте три файла с аминокислотными
последовательностями в FASTA формате:
– myprot.fasta — аминокислотная последовательность вашего белка;
– secondprot.fasta — последовательность одного из белков,
найденных Вами при выполнении заданий 4 и 5
занятия 2
(как файлы, так и последовательности в файлах можно так и назвать
"myprot" и "secondprot", но лучше использовать ID или AC соответствующих белков);
– thirdprot.fasta — искусственно созданная последовательность,
склеенная из двух небольших (10–12 букв каждый) участков
аминокислотной последовательности вашего белка.
Задания выполняйте на сервере kodomo-count.cmm.msu.ru.
- Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)
- Постройте глобальное выравнивание последовательностей
из myprot.fasta и secondprot.fasta с помощью программы
needle. Результат сохраните в файле 1to2.needle.
- Постройте локальное выравнивание последовательностей из
myprot.fasta и secondprot.fasta с помощью программы water.
Результат сохраните в файле 1to2.water.
- Сравните полученные выравнивания и опишите ваши
наблюдения в протоколе.
- Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки
- Постройте глобальное выравнивание последовательностей
из myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle.
Результат сохраните в файле 1to3.needle.
- Постройте локальное выравнивание последовательностей из
myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы water.
Результат сохраните в файле 1to3.water.
- Постройте локальное выравнивание последовательностей из
myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы matcher с
выводом трех наилучших вариантов. Результат сохраните в
файле 1to3.matcher.
- Сравните полученные выравнивания и опишите ваши
наблюдения в протоколе. Опишите, чему соответствуют три
наилучших локальных выравнивания, полученные с помощью программы matcher.
- Параметры программ построения выравниваний
Постройте глобальные выравнивания последовательностей из
myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle при
разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа. Значение штрафа за
продолжение гэпа установите равным 1.
|
Штраф за открытие гэпа |
Штраф за продолжение гэпа |
Файл результатов |
|
10 |
1 |
1to3_10_1.needle |
|
5 |
1 |
1to3_5_1.needle |
|
1 |
1 |
1to3_1_1.needle |
Сравните полученные выравнивания и опишите ваши
наблюдения в протоколе. Как полученные выравнивания зависят
от параметров и почему?
- Карта локального сходства
Постройте карту локального сходства последовательностей из
myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher.
Сравните карты локального сходства, полученные при разном наборе
параметров: размер окна, порог на суммарный вес.
См. указания.
|
|