Занятие 8. Программа BLASTP

 
     

 

  1. Поиск белка по его последовательности

    2. (i) На сервере NCBI — http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ — проведите поиск своей последовательности программой BLASTP в банке swissprot (внимание: для этого надо изменить значение параметра database, по умолчанию стоит банк "nr"). Чтобы получить результат, надо нажать кнопку BLAST, а на полученной странице — кнопку FORMAT.

    В выдаче программы отыщите ваш белок и занесите в протокол: его порядковый номер в выдаче, Score, E-value.

    (ii) Повторите поиск с той же входной последовательностью, указав в качестве банка pdb. Для первой в списке находки укажите: PDB-коды и идентификаторы цепей, Score, E-value, начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) и в находке (Subject), процент совпадений (Identity). Прокомментируйте увиденное.

  2. Поиск белка по его гомологу

    3. Проведите поиск в банке swissprot программой BLASTP, подав на вход последовательность из файла secondprot.fasta (см. предыдущее задание). Есть ли в выдаче ваш белок? Если есть, занесите в протокол его порядковый номер, Score и E-value находки, начало и конец выравнивания во входной последовательности и в находке, процент совпадений.

    Является ли первая по счету находка тем самым белком, чья последовательность была подана на вход? Если нет, то объясните почему и как это исправить.

  3. Поиск белка по фрагментам его последовательности

    4. Проведите поиск в банке swissprot программой BLASTP, подав на вход последовательность из файла thirdprot.fasta. Занесите в протокол те же сведения, что в предыдущем задании, сделайте выводы.

  4. (*) Разные пользовательские интерфейсы BLAST

    5. Повторите одно из заданий, пользуясь программой BLASTP на сервере EBI: http://www.ebi.ac.uk/blastall/ и на сервере Пастеровского института: http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/blast2-simple.html. Опишите в протоколе ваши впечатления.

  5. (*) Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

    6. С помощью программы BLASTP проведите поиск по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis. В первом приближении будем считать ортологами те последовательности, в названии которых стоит слово RbsR. Проанализируйте список первых 20 находок и дайте развернутый и обоснованный ответ на поставленный вопрос.