Занятие 2. Моделирование эволюции гена

 
     

 

Модель судьбы вашего гена описана в виде скобочной формулы здесь. Расстояния даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков.

  1. Создайте изображение дерева, описанного заданной Вам формулой. Подпишите листья и длины ветвей.
  2. Опишите ветви дерева как разбиения множества листьев (считая дерево бескорневым).
  3. Получите искуственные мутантные последовательности, соответствующие листьям и узлам дерева, считая, что в корне находится последовательность гена вашего белка (см. упражнение 2 второго практикума прошлого семестра). В отчёте приведите длину гена, формулу для пересчёта расстояний в число мутаций в вашем гене и текст скрипта, которым получаются мутантные последовательности.
  4. На основе последовательностей, соответствующих листьям, реконструируйте дерево алгоритмами UPGMA, Neighbor-joining и максимального правдоподобия. Сравните деревья между собой и с правильным деревом.
Будущий отчёт (в формате MS-Word или HTML) по этому и следующему занятиям должен будет содержать: рисунок дерева, таблицу ветвей как разбиений, информацию из упр. 3 (см. выше), а также деревья, полученные при реконструкции и результат их сравнения (рекомендуемую форму описания сравнения деревьев см. в подсказках).