Занятие 5. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Обязательные упражнения

Поиск нужного термина в словарях GO (0.5 балла)

Найдите заданное Вам описание локализации белка в таблице. На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, найдите наиболее подходящий термин GO. Подсказка: запрос может состоять из нескольких слов (определяется пересечение) и даже из части слова.
В отчете укажите
• заданное описание локализации;
• выбранный термин GO и его идентификатор;
• название онтологии GO и его перевод на русский;
• определение термина (в переводе на русский).



Описание функции конкретного белка с помощью GOA (1.5 балла)

На главной страничке БД GOA введите в поле запроса AC UniProt заданного Вам белка. Откроется страничка со списком всех терминов GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По данным этой странички опишите функцию Вашего белка в таблице следующего вида:

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?
Зачем, для чего?
Молекулярный механизм?
Специфичность?

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS) (2 балла)

Сначала потренируйтесь в поиске!

Отработайте структуру запроса — составьте 1 запрос в SRS для того, чтобы получить сразу 3 документа P15650, P70618 и P51650.
Определите, в каком поле написаны идентификаторы GO. Посмотрите, как в SRS проиндексированы разные онтологии и разные способы аннотации функций.
Для самопроверки попробуйте найти среди 3-х указанных белков
1. митохондриальные белки
2. ядерные белки
3. белки с самым низким качеством аннотации (все термины присвоены по ISS)
Если Вы довольны результатами, то приступайте к основному заданию.


Задание

Ваша задача — оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белки конкретной группы
Отчет представить в виде таблицы вида (HTML-формат) и краткого комментария (1-2 фразы).

Протеом .................... Результаты поиска в UniProt, хх.хх.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO
В том числе (укажите Вашу группу)
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)