Занятие 6. Классификация функций. Коды ферментов.

Найдите заданный код фермента в таблице.

  1. Объясните, что значит заданный Вам код фермента (0.5 балла)

    2. На главной странице сайта IUPAC (lNTERNATIONAL UNION OF PURE AND APPLIED CHEMISTRY) выберите раздел, посвященный химической номенклатуре.
    В этом разделе щелкните по гиперссылке на страницу совместной комиссии IUBMB-IUPAC по биохимической номенклатуре (JCBN). На открывшейся странице найдите ссылку на номенклатуру ферментов. Описание каждого класса ферментов содержит "Введение", где можно найти почти все, что Вам нужно.

    В отчете приведите заданный код и расшифровку каждого его пункта

  2. Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов (3.5 балла)

    3. C помощью SRS по заданному коду найдите в UniProt все ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. Запрос внесите в протокол.

    Подсказки.
    Для упрощения запроса воспользуйтесь тем, что для белков из этих организмов приняты короткие имена, оканчивающиеся на "_Ecoli", "_Human", "_Metja". Это позволит легко отфильтровать разные штаммы Ecoli. Исследуйте только те последовательности, гены которых имеют имена!

    Сначала сравните доменную структуру найденных белков, для этого используйте вариант просмотра результата SW_InterProMatches, который позволяет быстро посмотреть на все мотивы в последовательностях.
    Будем сравнивать только домены Pfam! По полученным данным в протоколе создайте таблицу примерно такого вида:

    Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов

     
    UniProt ID
    UniProt AC
    Имя гена
    Первый домен
    Второй домен
    Третий домен  
    Идентификатор Pfam
    Положение в последовательности
    Идентификатор Pfam
    Положение в последовательности
    		 
     
    1                  
    2                  
                       
                       

    Затем оцените сходство последовательностей аминокислот в гомологичных доменах.
    Возможны разные подходы:

    1. сохраните выбранные последовательности в формате FASTA, определите попарное сходство, используя известные Вам методы; все команды и скрипты, а также выравнивания приведите в отчете;
    2. используйте встроенные в SRS программы: в меню Launch analysis tool выберите нужную программу и запустите ее; в этом случае к отчету надо прикреплять страничку с выдачей результата.

    Таблицу, отражающую попарное сходство доменов, внесите в протокол. Сделайте выводы из полученных результатов.

    Если Вы справились с обязательными заданиями, можете попробовать выполнить дополнительные.