Занятие 3. Поисковая система SRS

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice3.

Рекомендуем пользоваться SRS на сервере EBI: http://srs.ebi.ac.uk/

Обязательные задания

Скопируйте в свою рабочую директорию файл SRS_tables.doc и откройте его в Word. Задание состоит в заполнении таблиц в этом файле.

1. Информация о банках данных (страница Library Page).
   • Определите, в каких группах находятся банки данных "MEDLINE", "UniProtKB", "UniRef100", "EMBL" и "PDB". Результаты занесите в таблицу 1.
2. Поля банков данных и индексы (страница с описанием индекса поля таксономии банка Swiss-Prot).
   • Какие таксоны в документах Swiss-Prot начинаются на "ga"?
   • Определите английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" и количество документов в банке Swiss-Prot, описывающих белки из этого таксона. Результаты занесите в таблицу 2.
3. Поиск своего белка и сохранение.
   • На странице Library Page выберите для поиска банк Swiss-Prot ("UniProtKB/Swiss-Prot"), перейдите на страницу Standard Query Form.
   • Найдите свой белок по Accession number
   • Проанализируйте строку запроса
   • Занесите строку запроса и количество найденных документов в таблицу 3.
   • Сохраните последовательность своего белка в файле P00000.fasta в формате "FastaSeqs" (вместо P00000 подставьте AC своего белка).
4. Составьте выборку белков из таксона "гамма-протеобактерии", которые выполняют функцию, сходную с функцией вашего белка (заполните таблицу 4).
   • Выберите для поиска банк UniProtKB/Swiss-Prot.
   • Найдите все документы, описывающие белки из таксона "гамма-протеобактерии", которые в поле DE содержат нечто, достаточно сходное с описанием функции вашего белка.
   • Отобразите результат поиска в разных предопределенных форматах (UniprotView, UniprotFeatureView, ...)
   • Отобразите результат поиска так, чтобы отображались только поля с кодом доступа (Accession number), названием вида (Species) и таксономией (Taxonomy). Отсортируйте по названию организма.
   • Занесите в таблицу 3 строку запроса и количество найденных документов, а в таблицу 4 — соответствующую информацию про найденные белки.
   • Сохраните все найденные документы в fasta-формате в файле с названием gamma_proteins.fasta.
   Примечание. Если количество найденных документов окажется существенно больше 50, в таблицу 4 занесите информацию только о первых 50.

  Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.