Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Обязательные упражнения

Отчёт по обязательным упражнениям должен появиться на сайте к следующему занятию.

  1. Поиск нужного термина в словарях GO

    2. Найдите заданное Вам описание локализации белка в таблице (название организма в этом упражнении вам не нужно). На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, найдите наиболее подходящий термин GO. Подсказка: запрос может состоять из нескольких слов (определяется пересечение) и даже из части слова.

    В отчете укажите:


     

  2. Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

    3. Получите полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка человека. В поле DR найдите и проанализируйте строки, посвящённые терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным опишите функцию заданного белка в таблице следующего вида:

      Онтология GO (название словаря) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где?      
    Зачем, для чего?      
    Молекулярный механизм?      
    Специфичность?      

  3. Создание больших выборок белков с определенными функциями
    (поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

    4. Сначала потренируйтесь в поиске!

    Отработайте структуру запроса — составьте 1 запрос в SRS (http://srs.ebi.ac.uk/) для того, чтобы получить сразу 3 документа P15650, P70618 и P51650.

    Определите, как называется в SRS поле, в котором написаны идентификаторы GO. Посмотрите, как в SRS проиндексированы разные онтологии и разные способы аннотации функций.

    Для самопроверки попробуйте найти среди трёх указанных белков:

    1. митохондриальные белки
    2. ядерные белки
    3. белки с самым низким качеством аннотации (все термины присвоены по ISS)

    Если Вы довольны результатами, то приступайте к основному заданию.

    Задание

    Ваша задача — оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы (группа задаётся организмом и локализацией).

    Отчет представить в виде таблицы нижеследующего вида (HTML-формат) и краткого комментария (1–2 фразы).

    Протеом <такого-то организма>. Результаты поиска в UniProt, XX.XX.2009 г.

      Количество записей Запрос
    Всего из данного организма    
    С идентификаторами всех трёх онтологий GO    
    В том числе (укажите Вашу группу)    
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)    
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)    

     

Ecли Вы справились с обязательными упражнениями, то можете попробовать выполнить дополнительные.