Указания к занятию 10

Как запустить PSI-BLAST

Зайти на сайт http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/, последовать по ссылке "protein blast", далее в верхнее окошко скопировать последовательность или AC, в разделе "Database" выбрать Swissprot, а в разделе "Algorithm" выбрать "PSI-BLAST" и нажать "BLAST".

Как посчитать число находок выше порога

Скопируйте список находок во временный файл, открытый в редакторе Far manager. Если поставить курсор на последнюю строку, в правом верхнем углу окна можно увидеть номер этой строки (равный числу находок, если в окне с результатами BLAST было аккуратно выделены нужные находки).

Как запустить очередную итерацию

На страничке с результатами в нескольких местах есть кнопка "Go" с соответствующим объяснением.

Прежде чем запускать следующую итерацию, подумайте, всю ли информацию о результате предыдущей Вы записали: например, рекомендуется следить за значениями E-value рядом с порогом, а также для пары-тройки конкретных последовательностей.

Как догадаться, что процесс "сошёлся" и дальнейшие итерации ничего нового не дадут?

  1. По не изменившемуся числу находок (такой метод может изредка привести к ошибке)
  2. По отсутствию значков "New" на странице результатов
  3. По (малозаметной) надписи "No new sequences were found above the 0.005 threshold" в верхней части страницы с результатами

Как изменить порог на включение находок в профиль?

На странице запроса щёлкните по "Algorithm parameters". В самом низу открывшейся страницы будет окошко "PSI-BLAST Threshold".