Занятие 10. PSI-BLAST

 

Проведите работу с четырьмя аминокислотными последовательностями. Первые три последовательности имеют в Swiss-Prot номера доступа P18196, P0A832, P0A780; четвёртая – последовательность Вашего белка.

Для этих последовательностей проведите итеративный поиск по банку Swiss-Prot программой PSI-BLAST (см. указания). При поиске всем параметрам (кроме банка поиска и программы) оставляйте значения по умолчанию. Выполните до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога 0,005 на E-value; если же и после пятой итерации список не стабилизировался, можно на этом остановиться.

Заполните таблицу и напишите краткие выводы: как ведут себя итерации PSI-BLAST для этих последовательностей? Что (на качественном уровне) можно сказать о "разрыве" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога: как он меняется от итерации к итерации в каждом из случаев?

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога

Рекомендуется также проследить за изменениями значения E-value у самой лучшей находки (т.е., поданного на вход белка) и у какой-нибудь "средней" находки (например, той, которая при первой итерации была чуть выше порога).

 

 

Для той последовательности, для которой итерации "не сошлись", проведите поиск снова, изменив порог с 0,005 на 0,001. Сошлись ли теперь итерации? Почему? Какое максимальное значение порога в данном конкретном случае можно поставить, чтобы итерации сошлись?