Занятие 1. Банк UniProt

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice1; протокол можно вести в форматах doc или html.

Обязательные задания

  1. Извлеките из банка UniProt документ, содержащий информацию о Вашем белке (см. указания).
  2. Внимательно изучите полученный документ и заполните таблицу:

      Метка поля Содержание
    Код(ы) доступа ("Accession number")    
    Идентификатор записи в БД    
    Название (краткое описание) белка    
    Дата создания документа    
    Дата последнего исправления аннотации    
    Число публикаций, использованных при создании документа    
    Журнал и год самой поздней публикации    
    Ключевые слова    
    Что содержит поле комментариев?   Не копируйте, а перечислите все темы по русски!
    Идентификаторы записей PDB    

     

  3. Ответьте на (хотя бы) один из вопросов, которые указаны против Вашей фамилии в файле stud_voprosy.xls.
  4. Пользуясь поиском на сайте UniProt, определите, сколько записей в UniProt описывает белки примерно с тем же описанием (DE), что и Ваш белок (см. указания), результаты приведите в виде таблицы:

     Запрос  Число записей
    в SwissProt    		 Число записей
    в TrEMBL
       
       
       

  5. Просмотрите список записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию вашего белка (см. задание 4). Выберите один белок (по возможности с наиболее похожим описанием, но из другого организма) и получите полный текст соответствующей записи. Заполните следующую таблицу, в левую колонку внеся сведения о вашем белке, а в правую — о выбранном Вами белке.

      Метка поля Белок 1 Белок 2
    Первый код доступа      
    Идентификатор последовательности в БД      
    Название (краткое описание) белка      
    Дата создания документа      
    Дата последнего исправления аннотации      
    Название организма      
    Классификация организма (список таксонов)      
    Длина последовательности      
    Молекулярная масса белка      
    Число публикаций, использованных при создании документа      
    Журнал и год самой поздней публикации      
    Описание вторичной структуры
    Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит.    		      
    Ключевые слова      
    Темы, освещённые в комментариях      
    Особенности последовательности
    Не копируйте, а перечислите, какие особенности отражены в документе!    		      
    Идентификаторы записей PDB      

      Опишите свои впечатления от сравнения двух записей.
     

 

  Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.