Критерий качества дерева в методе MP – минимальное число мутаций, необходимое, чтобы получить данные последовательности по данному дереву.
ML использует вероятностную модель, чтобы оценить вероятность появления данных последовательностей. То дерево, для которого эта вероятность наибольшая, и есть максимально правдоподобное дерево.
Метод наименьших квадратов минимизирует сумму квадратов разностей между расстояниями, поданными на вход, и расстояниями по дереву. Метод Фитча – Марголиаша минимизирует сумму квадратов относительных разностей ((a–b)/a)