First page Back Continue Last page Overview Graphics
Переборные методы
Максимальной бережливости (maximum parsimony, MP)
Наибольшего правдоподобия (maximal likelihood, ML)
Наименьших квадратов (least squares, LS)
Фитча – Марголиаша (Fitch – Margoliash, FM)
Все методы, кроме бережливости, допускают предположение о молекулярных часах (но чаще используются без этого предположения!).
Методы MP и ML — символьно-ориентированные, LS, FM и многие другие принимают на вход матрицу расстояний.
Notes:
Критерий качества дерева в методе MP – минимальное число мутаций, необходимое, чтобы получить данные последовательности по данному дереву.
ML использует вероятностную модель, чтобы оценить вероятность появления данных последовательностей. То дерево, для которого эта вероятность наибольшая, и есть максимально правдоподобное дерево.
Метод наименьших квадратов минимизирует сумму квадратов разностей между расстояниями, поданными на вход, и расстояниями по дереву. Метод Фитча – Марголиаша минимизирует сумму квадратов относительных разностей (a–b/a)