Материалы к практикуму 1

Чтобы добыть файл с записью PDB, зайдите на один из сайтов "всемирного PDB": и разберитесь, как скачать файл, содержащий запись с данным кодом в PDB-формате.

Также можно на kodomo-count выполнить команду 

 get_pdb 1xyz
и в текущей директории появится файл "1xyz.pdb", содержащий запись 1XYZ.

Краткое руководство по PyMOL

При запуске программы PyMOL открываются два окна: графическое и командное. Особенностью PyMOL является то, что команды можно выполнять, не выходя из графического окна. Чтобы сделать активной вашу рабочую директорию, выполните команду 
 cd H:\Term5\Practice1
Теперь (если нужный PDB-файл уже лежит в вашей рабочей директории), выполните команду, загружающую файл в PyMOL (в качестве нового т.н. "объекта"): 
 load имя_файла
Сначала поэкспериментируйте с мышью (функции каждой из кнопок мыши см. в графическом окне справа внизу). Обратите внимание, что манера вращения молекулы при нажатой левой кнопке зависит не только от направления движения курсора мыши, но и от удалённости его от центра картинки.

Чтобы выводить/убирать изображения из графического окна, пользуйтесь командами: 

 show вид, множество
 hide вид, множество
Здесь "вид" – графическая модель, основные: lines, sticks, spheres, ribbon, cartoon;
"множество" – множество атомов. Некоторые способы задать множество атомов приведены в таблице ниже.

ОбозначениеСмыслПример
allВсё 
noneНичего 
visibleВсе атомы, тем или иным способом показанные в данный момент в графическом окне 
hetГетероатомы (описанные в PDB-файле в поле HETATM), в том числе ионы, атомы лигандов и воды 
resiОстатки с данными номерамиresi 15-20
resnОстатки с данными именамиresn lys+arg
chainЦепи с данными идентификаторамиchain a+b
symbolАтомы данных химических элементовsymbol c+s (углерод плюс сера)
nameАтомы с данными именамиname ca
При задании множества можно пользоваться операторами and, or и not. Для обозначения атомов, близких к данному множеству, используется оператор around, например "symbol zn around 3.5" означает все атомы, находящиеся ближе 3.5 ангстрем к любому атому цинка, кроме самих атомов цинка (в последнем – отличие от аналогичного оператора RasMol). Есть ещё полезный оператор byres, расширяющий множество до целых остатков, например "byres symbol s" означает все остатки, содержащие хотя бы один атом серы.

Наконец, конкретный атом можно задать в форме "цепь/номер остатка/имя атома", например "a/51/ca". Если нужны все CA-атомы цепи A, можно написать "a//ca", а если все атомы остатка 51 цепи A, то "a/51/".

Если в графическом окне щёлкнуть правой кнопкой мыши по изображению атома, откроется окошко с меню и информацией об атоме.

Для выполнения задания вам могут понадобиться ещё следующие команды: 

 @myscript.pml
запускает скрипт, записанный в файл "myscript.pml" (скриптам PyMOL рекомендуется давать расширение pml). 
 color green, visible
покрасит всё видимое в зелёный цвет (разумеется, вместо "visible" может стоять другое множество). 
 ray
подготовит картинку высокого качества. После этой команды картинку нельзя трогать (например, поворачивать), а надо сразу сохранять командой 
 png mypicture.png
(где "mypicture.png" – имя файла, которое может быть любым, но с расширением png). Можно сохранять картинку и без предшествующего ray, но тогда она будет низкого разрешения (примерно как из RasMol).

Это, конечно, далеко не все возможности :)
Читайте руководство на http://pymol.sourceforge.net/newman/user/toc.html.

В частности, предлагается самостоятельно изучить команду select.