Занятие 1.

Ваша рабочая директория: H:\Term5\Practice1. Отчёт по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию. Необходимые сведения о работе с PyMOL см. здесь.

Поработайте в PyMOL с записью 1KMY банка PDB. Определите, какой ион присутствует в структуре. Сохраните изображение окрестности иона, включая изображение остатков и лигандов, связанных с ионом координационными связями, и приложите его к отчёту.
Выберите два (* или больше) из нижеперечисленных заданий и сделайте их. В отчёте опишите, что вы увидели (обращая особенное внимание на всякого рода странности); проиллюстрируйте отчёт картинками, созданными в PyMOL. В отчёте по каждому пункту обязательно приведите PDB-код (и вообще, как всегда, отчёт должен быть понятен без обращения к тексту задания), кроме того, приведите год расшифровки структуры, разрешение ("Resolution"); если найдёте в поле REMARK какую-либо информацию об изучаемых остатках, изложите её.
- В записи 5RXN банка PDB внимательно изучите все представленные там треонины. Обладает ли боковая цепь треонина зеркальной симметрией? Что можно сказать о хиральности треонинов, согласно данной записи?
- В записи 1GT0 изучите участок цепи C с 75 по 100 остатки.
- В записи 1DLP изучите остатки 136 цепи A и 167 цепи С
- Запись 2B5A содержит четыре идентичные полипептидные цепи. Изучите остатки с номерами 21 из этих четырёх цепей.
- Запись 7GPB содержит четыре идентичные полипептидные цепи. Изучите остатки с номерами 67 из этих четырёх цепей.
Создайте скрипт для PyMOL, результатом работы которого станет изображение в графическом окне, иллюстрирующее ваш отчёт по одному из заданий предыдущего упражнения. Поместите его в отчёт как преформатированный текст (лучше в одноклеточной таблице на слегка выделяющемся фоне).
(*) Опишите ваши первые впечатления от PyMOL. В чём, по вашему мнению, он лучше RasMol, а в чём – хуже?