align sel1, sel2где sel1 и sel2 – два выделения (или объекта). Команда сначала делает выравнивание последовательностей, а затем улучшает его, используя структуры. Не забывайте записывать полученное значение RMSD (которое в PyMOL почему-то называется "rms").
С программой PDBeFOLD трудностей возникнуть также не должно. Выравнивание последовательностей, полученное по структурному выравниванию, скачивается нажатием кнопки "Download aligned sequences (FASTA format)", перед этим нужно отметить checkbox в таблице. Прежде чем подать выравнивание на вход программе "Geometrical core", измените названия последовательностей в соответствии с требованиями этого сервиса.
Команде pair_fit на вход подаются два строго одинаковых множества атомов (не остатков!), например:
pair_fit obj1 and resi 18-23 and name ca, obj2 and resi 19-14 and name ca