Занятие 11.

Отчёт по заданию должен появиться к понедельнику, 29 ноября. Для всех заданий приводите картинку совмещённых структур в остовной модели (каждая структура – своим цветом); а также полученное при совмещении значение RMSD.
  1.  Постройте в PyMOL командой align три совмещения следующих структур: цепи A из записи 1HY0 и цепи A из записи 1I0A. Совмещения сделайте по каждому из доменов согласно CATH. Кратко опишите, что видно на полученных изображениях.
     
  2.  Постройте программой PDBeFOLD (она же SSM) структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T. По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдите геометрическое ядро с порогом 2 Å. Совместите в PyMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро. Сравните с результатом команды align на полных цепях. В качестве дополнительного задания: сравните с результатом экспериментальной команды super.
См. указания