Внимание! Сервер kodomo-count прекратил своё существование.
Отныне все Linux-программы, используемые при обучении, будут устанавливаться на сервер kodomo.

Материалы к практикуму 2

Как запустить DSSP и разобраться в его выдаче

Надо поместить в рабочую директорию PDB-файл (пусть это будет 1XYZ.pdb) и выполнить на kodomo команду: 
 dsspcmbi 1XYZ.pdb 1XYZ.dssp
Альтернативный вариант (и единственный, пока DSSP не установлен на kodomo) – скачать уже готовый результат по FTP с ftp://ftp.cmbi.ru.nl//pub/molbio/data/dssp/.

Выходной файл (в данном случае 1XYZ.dssp) лучше всего импортировать в Excel. Импорт надо начать со строки заголовков, импортировать колонки фиксированной ширины в текстовом (не общем) формате. Разберитесь, где ставить границы колонок (ориентируйтесь на заголовки и верхние значения). Главная информация заключена всего в двух колонках: RESIDUE (где приведены номер остатка и идентификатор цепи) и STRUCTURE, из содержимого каждой из ячеек которой нам нужен только первый символ. О значении всего остального читайте на http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ (прежде всего обратите внимание на гиперссылки "Output short" и "Explanation" во фрейме "LAY-OUT").

Примечание. Не возбраняется для выполнения упражнений 1 и 2 вместо DSSP использовать STRIDE. Только обязательно указывайте в отчёте, какой программой вы пользовались! STRIDE уже установлен на kodomo, при первом запуске он попросит вас прочитать правила его использования и согласиться с ними. После этого его можно запускать командой: 

 stride 1XYZ.pdb > 1XYZ.stride

Как разобраться в полях HELIX и SHEET записи PDB

Читайте описание PDB-формата: http://www.wwpdb.org/documentation/format32/v3.2.html, раздел "Secondary structure". Если элементов вторичной структуры много, имеет смысл загрузить соответствующую часть PDB-файла в Excel.

Как запустить HBplus и разобраться в его выдаче

Имея опять-таки в текущей директории файл 1XYZ.pdb, выполните команду 
 hbplus 1XYZ.pdb
В директории появится файл 1XYZ.hb2, в котором несложно разобраться; а если всё-таки сложно, то а) спрашивайте, б) читайте в описании HBPLUS, которое легко найти посредством Google. При первом запуске hbplus попросит вас прочитать и согласиться с правилами его использования.

Как в PyMOL выделить элементы вторичной структуры

Множество всех атомов всех остатков, входящих в альфа-спирали, обозначается ss h, в бета-листы – ss s. Как этим воспользоваться, читайте в подсказках к предыдущему заданию и всевозможных online-help'ах.