Занятие 2.

1. В таблице найдите PDB-код, с которым будете работать. Определите вторичную структуру молекул белка, представленных в соответствующей записи, программой DSSP. Перечислите в отчёте цепи белка и для каждой – сколько каких элементов вторичной структуры нашёл DSSP. Одним элементом вторичной структуры будем считать блок идущих подряд букв H (альфа-спираль) или E (бета-тяж).

   Откройте PDB-файл в редакторе и изучите поля HELIX и SHEET. Сравните два описания вторичной структуры (вычисленное DSSP и приведённое авторами записи): есть ли различия, если да, то какие.

2. Проанализируйте колонку PHI выдачи DSSP. Перечислите остатки, имеющие положительное значение угла φ (укажите тип остатка, номер и цепь; например "глицин 18 цепи D"). Создайте в PyMOL изображение, представляющее остовную модель (ribbon) одной из цепей белка, на котором различными цветами были бы выделены альфа-спирали, бета-тяжи, остатки с положительным φ и все прочие. Картинка должна иметь подпись, объясняющая её (какая цепь, какими цветами что обозначено).
    
3. Программой HBPlus определите водородные связи в данной записи. Приведите примеры водородных связей а) участвующих в стабилизации вторичной структуры; б) между боковыми цепями аминокислотных остатков; в) между боковой цепью одного остатка и остовным атомом другого. Есть ли в структуре водородные связи между белком и каким-либо лигандом (малой органической молекулой)? Если есть, то приведите пример. Приведите также один-два примера водяных мостиков между различными остатками. Каждый пример должен быть проиллюстрирован изображением, сгенерированным в PyMOL.