Материалы к практикуму 4

Как выявить водородные связи

Команда dist позволяет визуализировать, в том числе, водородные связи (читайте "help dist"). Но для наших целей удобнее пользоваться командой around. Для этого лучше заранее определить два множества полярных атомов каждой из интересующих нас частей структуры, после чего остатки, вовлечённые в водородные связи, можно отобразить командами: 
 show lines, byres (set1 and (set2 around 3.5))
 show lines, byres (set2 and (set1 around 3.5))
здесь set1 и set2 определённые заранее командой select множества полярных атомов. Не забывайте, что узнать, что за атом виден в некотором месте графического окна PyMOL, можно, щёлкнув по изображению атома правой кнопкой мыши.

Как восстановить по симметрии соседнюю ассиметрическую единицу

Для восстановления соседних образов ассиметрической единицы в PyMOL служит команда symexp. Например, чтобы отобразить для объекта 1xyz все образы, находящиеся не далее чем на 5 Å от цепи X, можно выполнить команду 
 symexp sym, 1xyz, chain x, 5
Первым аргументом команды служит так называемый "префикс", с него будут начинаться названия новых объектов, созданных командой. Названия эти довольно длинные, но имейте в виду, что PyMOL понимает символ "*", и, например, уничтожить все объекты, чьи названия начинаются с "sym", можно командой "delete sym*".

Второй аргумент команды – имя объекта, для которого строятся образы асимметрической единицы, а третий – множество атомов, в окрестности которых восстанавливаются соседние образы. Наконец, последний аргумент – порог расстояния, ближе которого атомы считаются соседними.