Занятие 4.

1. Определите по полю COMPND и опишите в отчёте, цепи каких биополимеров описаны в записи и какими буквами они обозначены.
2. Изучите водородные связи цепи D в пределах ассиметрической единицы. Водородной связью будем считать расположение атомов двух полярных (азот или кислород) атомов из разных цепей на расстоянии менее 3,5 Å. Создайте изображение, на котором были бы видны: а) цепь D в остовной (ribbon или cartoon) модели; б) обе цепи ДНК в остовной модели; в) цепь белка, связанная с цепью D, в остовной модели; цвет другой цепи должен отличаться от цвета цепи D; г) в проволочной (lines) модели – все (аминокислотные и нуклеотидные) остатки, связанные водородными связями с цепью D, и все остатки цепи D, связанные с другими цепями. Чтобы картина была яснее, можно, например, покрасить углероды остатков разных цепей в разные цвета (желательно, чтобы полярные атомы, по крайней мере взаимодействующие, всё же выделялись). Постарайтесь кратко, но исчерпывающе описать, что вы увидели: как цепь D связана с другими цепями в пределах асимметрической единицы.
3. Изучите связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы. Создайте два изображения. На первом должна быть видна связь цепи D с ДНК, как содержащейся в той же ассиметрической единице, так и восстанавливаемой по симметрии кристалла На втором покажите связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы. Опишите, как цепь D связана с другими цепями в кристалле.
4. (*) Сравните контакты и конформацию цепи D с контактами и конформацией другой цепи того же белка, представленной в структуре. Сделайте предположение о структуре данного комплекса в клетке.
5. (*) Изучите контакты между разными образами ассиметрической единицы в структуре своего белка. При этом следует обращать внимание не только на водородные связи, но также на гидрофобные взаимодействия (будем считать таковыми атомы углерода или серы на расстоянии менее 5 Å) и на водяные мостики.