Занятие 1.

Ваша рабочая директория: H:\Term6\Practice1. Отчёт по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию. Необходимые сведения о работе с PyMOL см. здесь. Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Ссылка для скачивания Pymol . Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.
  1. Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом. Предварительно оцените зону котнакта.
  2. Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.
  3. Создайте поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используйте режим Editing и манипулируйте торсионными углами.
  4. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Примерный код вы можете найти в подсказках.
  5. Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках.