Занятие 7.

Отчёт по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию.
Традиционные ссылки на полезные ресурсы:
Уроки по работе с GROMACS находятся здесь.
Сведения о работе с Gnuplot см. здесь.
Введения о скриптовании в Bash здесь.
Ведения о awk здесь.
Вся работа по расчётам будет проходить на kodomo через терминал putty, а для работы с графическим выводом Gnuplot понадобится Xming.

Цель данного занятия ознакомится с возможностями моделирования молекулярной динамики.
В этом занятии мы будем пользоваться пакетом молекулярной динамики Gromacs. Это программное обеспечение распространяется под лицензией GPL, т.е. пользователь может скачать исходный код и свободен его изменять по своему усмотрению.

Общие положения
Типы файлов:

Основные программы из пакета, которые будут использованы на занятии:
Программы запускаются в командной строке Linux, флаги запуска программ начинаются с -, например -f. Как правило после флага следует либо имя файла либо значение параметра. Смотрите примеры ниже.
editconf - манипуляция форматом координат и самими координатами. Пример: 

editconf -f my.gro -o my.pdb
genbox - наполнение ячейки растворителем.Пример: 
genbox -cp my.gro -cs mysolvent.gro -p my.top -o my_solvated.gro
genion - утилита для замены n молекул растворителя на ионы. 
genion -s my.tpr -np 10 -p my.top -o my_ions.gro 
-np это добавить 10 положительно заряженых ионов
grompp - объединение и проверка gro, top и mdp в tpr. 
grompp -f my.mdp -c my.gro -p my.top
mdrun - молеклярно-механический движок. На входе принимает tpr файл. 
mdrun -deffnm my.tpr
здесь параметр -deffnm означает, что выходные файлы будут называться как и входной файл, только с другими расширениями.

Всю работу Вы будете проводить на компьютере 172.16.0.140
Манипуляции с файлами делайте с помощью WinSCP или другого клиента. Полезно знать, что обновить список файлов в WinSCP можно комбинацией клавиш Ctrl+R. Соединение по ssh делайте с помощью Putty или аналога. На компьютере уже настроен доступ на кластер. Достаточно просто написать ssh skif или scp skif.

Объекты для практикума
На этом занятии Вам предлагается 4 различных систем для моделирования. Перейдите по ссылке для подробных инструкций по выполнению каждого задания.

  1. Моделирование самосборки липидного бислоя из случайной стартовой конформации.
  2. Моделирование поведения ДНК в формальдегиде.
  3. Моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде.
  4. Моделирование поведения короткого пептида в формальдегиде.
После запуска задачи нахождение её в очереди можно посмотреть с помощью: tasks -o