Моделирование самосборки липидного бислоя
- Создайте рабочую директорию на удалённой машине с помощью WinSCP типа Ivanov, где Ivanov это ваш идентификатор.
- Вам даны файлы:
дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp.
параметры для липидов lipid.itp.
координаты одного липида dppc.gro.
Файл-заготовка тополгии системы b.top.
файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp.
файл праметров для молекулярной динамики md.mdp.
скачайте их в рабочую директорию.
- Зайдите на удалённую машину через Putty и перейдите в рабочую директорию.
cd Ivanov
- На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol.
- В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
- Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.
editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5
- Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул.
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2 mdrun -deffnm b_em -v
Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
- Добавим в ячейку молекулы воды типа spc.
genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
- Проведём "утряску" воды:
grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1 mdrun -deffnm b_pr -v
вероятно у вас будет взрыв системы тогда:
grompp -f em -c b_s -p b -o b_empr -maxwarn 1 mdrun -deffnm b_empr -v
и снова:
grompp -f pr -c b_empr -p b -o b_pr -maxwarn 1 mdrun -deffnm b_pr -v
Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчёт.
- Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:
cd .. scp -r ./Ivanov skif:_scratch/chem/
- Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.
ssh skif cd _scratch/chem/Ivanov cp /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/residuetypes.dat . grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1 sbatch -n 4 -e error.log -o output.log -t 5 -p test impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm b_md -v
Запишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счёта можно в файле mdrun_mpi.out-....
less output.log Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
Если файл не содержит ошибок, то переходим дальше:
- Запускаем основное моделирование на суперкомпьтере.
sbatch -N1 --ntasks-per-node=2 -e error-gpu.log -o output.log -t 350 -p gpu impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm b_md -v
Запишите номер Вашей задачи.
less mdrun_mpi.out-.... Нажмите shift+. для перехода в конец файла.