Занятие 10.

Найдите в банке Prosite паттерн одного из рибосомальных белков бактерий

В рибосомальном белке B.subtilis, указанном в таблице против вашей фамилии, найдите мотивы, аннотированные в банке Prosite. В отчёте отметьте: нашлись ли паттерны, и какие, нашлись ли профили, и какие. Скопируйте в отчёт паттерн (один, если их несколько), в названии которого есть слово "RIBOSOMAL". Переведите описание семейства, выделяемого этим паттерном. Укажите характеристики паттерна: сколько последовательностей семейства не находятся и сколько лишних последовательностей находятся паттерном в банке Swiss-Prot, а также значения величин "Precision" (точность) и "Recall" (чувствительность).
Внимание! Эта информация должна быть взята из PS-записи, а не из PDOC-записи! См. указания.

В следующем упражнении Ваша задача — создать паттерн, распознающий подсемейство данного семейства, а именно, подсемейство белков из выбранного вами таксона.

В качестве таксона можно выбрать либо отдел Firmicutes, либо порядок Bacillales.

Создайте паттерн для поиска белков подсемейства

Этапы работы

• Создайте две выборки белков данного семейства: из выбранного таксона и контрольную – из других бактерий.

  Обе выборки должны включать по 6–10 белков. Бактерии своего таксона возьмите из списка к заданию 1. Если вы выбрали не весь таксон Firmicutes, то часть бактерий для контрольной выборки можно взять из того же списка, но обязательно дополнить их белками из бактерий других отделов, например Actinobacteria, Bacteroidetes, Chlamydiae, Cyanobacteria, Proteobacteria, Spirochaetes.

• Создайте выравнивание всех белков (из подсемейства и контрольных) и импортируйте их в GeneDoc.
• В GeneDoc создайте группу из белков подсемейства и выделите цветом консервативные внутри группы позиции.
• Выберите участок выравнивания, по которому будет строится паттерн (он может совпадать с участком, по которому был построен паттерн из Prosite, но может и не совпадать). Напишите свой паттерн и проверьте его на всех белках бактерий из Swiss-Prot. Сравните список находок исходного (т.е., взятого из Prosite) паттерна на вашем таксоне и созданного вами паттерна на всех бактериях. В идеале эти два списка должны совпадать; если имеются существенные (>10%) отклонения в ту или другую сторону, доработайте паттерн (для этого полезно будет подровнять к выравниванию по нескольку последовательностей из излишне найденных и из не найденных вашим паттерном).
В отчёте приведите итоговый паттерн и результаты его работы (то есть сравнение выдаваемого им списка с "правильным" списком). Приветствуется краткое, но внятное описание ключевых моментов работы над паттерном.