Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Задания по анализу вторичной структуры белка

Результаты сохраняйте в файле …_skills.doc

1. a. Постройте и сохраните карту бета-листа для структуры 1LUC (цепочка A) с помощью сервиса http://mouse.belozersky.msu.ru/sheep . (Структура 1LUC есть в списке стандартных примеров на этом сервере.)

b. Создайте изображение боковых цепей самого длинного хребта (crest), направленного внутрь барреля (напр., баррель – остов; боковые цепи хребта – проволочная модель; окраска – по типу атомов).

c. Создайте изображение боковых цепей внешней стороны барреля. Является ли эта сторона гиброфобной или гидрофильной? Почему? (хороший вариант – боковые цепи в модели spacefill или cpk)

d. Прокомментируйте результат

На карте бета-листа строки соответствуют тяжам, отдельные клетки - аминокислотным остаткам. Спаренные остатки (расположенные рядом в одном "гребне", обычно - между двумя водородными связями) расположены в одной колонке. Жирные границы клеток означают границы тяжей (вертикальные) или отсутствие спаривания между остатками (горизонтальные). Спаривание между тяжами, расположенными не в соседних рядах обозначается клетками, в которых прописан только номер остатка. Для обозначения на карте нерегулярностей (beta-buldges) используются "индели" - один остаток выглядит как "вставка", в остальных тяжах получается "гэп". Желтым и красным цветом показаны остатки, боковые цепи которых расположены с разных сторон листа.

Чтобы лучше понять, что изображается на карте бета-листа, полезно использовать визуализацию при помощи программы Jmol (работоспособность тут зависит от настроек Java на вашем компьютере). Например, кнопка "Rows and columns" в окне Jmol позволяет последовательно продемонстрировать все строки и колонки в карте листа, а кнопки "Sides" - остатки, расположенные с разных сторон.

• SheeP позволяет в RasMol/Jmol скрипте называть все эти остатки одним словом - см. ссылку о доступных definitions в окне Jmol'а. Можно составить скрипт в окне и/или скачать скрипт с definitions (Ссылка Script на странице с результатами SheeP, надо будет указать, какие define вам нужны.)

• Читая подсказки на сайте, задание можно выполнить не выходя из Jmol, все необходимые множества определены.

2*. Используйте SheeP с параметрами, отличными от параметров по умолчанию. (SheeP по умолчанию строит карты на основе данных DSSP, и модифицирует их в соответствии со своим алгоритмом. Можно использовать STRIDE вместо DSSP, или не применять модификации при помощи алгоритма SheeP.) Опишите отличия.