2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Поиск мотивов, программы MEME и MAST
1. Поиск мотивов программой MEME
В наборе гомологов вашего белка найдите мотивы (до трёх различных мотивов) программой MEME.
Указания. 1) Создайте лист-файл с "адресами" последовательностей (см. указания к занятию 8) или же файл с самими последовательностями (не выравниванием!) в fasta-формате. 2) Запустите на kodomo программу ememetext следующим образом:
ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3
Здесь после знака "@" должно стоять название лист-файла. Если вы пользуетесь не лист-файлом, а файлом с последовательностями, знак "@" ставить не нужно. Просмотрите выдачу программы — файл "memeout.txt". Занесите в отчёт: 1) сколько мотивов найдено; 2) для каждого мотива: во всех ли последовательностях он нашёлся, координаты и P-value в вашей последовательности, характеристики мотива: длину и E-value.
2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
Откройте в JalView выравнивание ваших последовательностей, полученное программой muscle. Выделите (цветом или иным образом) участки последовательностей, входящих в найденные программой MEME блоки. Сохраните проект JalView (файл с расширением jar) в рабочей директории данного задания. В отчёт включите изображения участков выравнивания, включающий блоки. Если мотивы, найденные MEME, оказались не выровнены программой muscle, обязательно отметьте это обстоятельство, опишите, чем отличаются выравнивания данных участков (выданные MEME и muscle), и постарайтесь найти объяснения различиям.
3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях
Проведите программой MAST поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов вашего белка, взятое из Pfam (см. предыдущее занятие, задание 2). Этапы:
- извлеките последовательности из выравнивания (то есть уберите знаки пробелов и переведите в fasta-формат) программой degapseq:
degapseq seed.msf seed.fasta
- запустите программу emast:
emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html
на вопросы программы отвечайте по умолчанию (нажатием <Enter>). Откройте полученный файл (mastout.html) браузером. В отчёт вставьте гиперссылку на этот файл, а также следующую информацию: 1) в скольких последовательностях (из стольких-то, имевшихся в seed.fasta) нашёлся каждый из мотивов? 2) в скольких нашлись все мотивы? 3) соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам? (если нет, приведите пример несоответствия).
Дополнительные задания
Опробуйте сервис MEME Suite (на том же или другом материале). Если выполняете это задание, то опишите не просто результаты, но главное – свои впечатления, замечания, неясные моменты.