2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Задания
![/!\](/wiki-data/kodomo_theme/img/alert.png "/!\"){kind=small}
Напоминаем, что задание должно быть выполнено в репозитории. Несоблюдение этого требования карается штрафом в 0.5 балла.
(1 балл) Напишите программу, которая открывает PDB-файл и пишет аминокислотную последовательность каждой цепочки в виде FASTA-файла. Допустимо предположение, что остатков с неправильными названиями (например, модифицированных остатков, нуклеотидов или лигандов), кроме воды, в файле не встерчается.1
(2 балла) Напишите программу, которая открывает PDB-файл, и ищет в нём остатки из разных цепей, находящиеся друг от друга на расстоянии не больше 5 ангстрем. Для каждой такой пары остатков нужно написать цепочку, номер остатка и название остатка. Программа должна иметь подобающий интерфейс командной строки (e.g optparse)
(3 балла) Напишите программу, которая открывает PDB-файл, ищет в нём остатки из разных цепей, находящиеся друг от друга на расстоянии не больше 5 ангстрем. От каждой такой пары программа сохраняет только остатки (имеющие хотя бы один атом) на расстоянии не больше 10 ангстрем, а все остальные остатки удаляет из структуры. Программа повторяет это для каждой модели в структуре и в ней для каждой возможной альтернативной конформации атомов, и сохраняет каждую получившуюся модель и конформацию в отдельном PDB-файле. Программа должна иметь подобающий интерфейс командной строки.
Вероятно, вам поможет такой словарь: { 'Ala': 'A', 'Arg': 'R', 'Asn': 'N', 'Asp': 'D', 'Cys': 'C', 'Glu': 'E', 'Gln': 'Q', 'Gly': 'G', 'His': 'H', 'Ile': 'I', 'Leu': 'L', 'Lys': 'K', 'Met': 'M', 'Phe': 'F', 'Pro': 'P', 'Ser': 'S', 'Thr': 'T', 'Trp': 'W', 'Tyr': 'Y', 'Val': 'V' } который совсем нетрудно сделать, глядя на статью в википедии (1)