Программа

Пробная посл-ть

Где ищет (тип данных банка)

Для чего служит

Примечание

BLASTN

НК

НК

Поиск последовательности в банке; предсказание транскрибируемых участков (проба — участок генома; банк — транскрипты)

Последние версии позволяют достаточно эффективно искать гомологи при надлежащем выборе параметров

BLASTP

Белок

Белки

Поиск гомологов

BLASTX

НК

Белки

Эта программа часто используется на первом этапе анализа новых нуклеотидных последовательностей для предсказания кодирующих участков

Проба транслируется в 6 рамках

TBLASTN

Белок

НК

Поиск гомологов белка в неаннотированных нуклеотидных последовательностях

Банк транслируется в 6 рамках

TBLASTX

НК

НК

Поиск гомологов к кодирующим участкам. Полезна, если в пробной последовательности много ошибок.

6×6=36. Работает долго. Применяется редко.