Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Домашнее задание по поиску сигналов

Найти базу данных KEGG.
Найти указанный участок метаболического пути, см. варианты.
Выделить upstream (–200) области для генов из этого участка пути. При этом хорошо бы учесть оперонную структуру. Возможности:
- Скачать геном E.coli и написать скрипт на Python или Lua.
- Выделить соответствующие области средствами KEGG.
Прогнать MEME для поиска мотива (найти сервер или использовать ememe, установленный на kodomo).
Найти ортологов одного из генов в гамма-протеобактериях. Найти сигнал с использованием этих данных. Не используйте слишком близкие геномы!
Повторить пункты 4--5 с использованием вместо MEME одной из реализаций Gibbs-sampler (реализацию самостоятельно найти в Сети).
Подготовить отчет:
- Список генов
- Скрипт, если использовался для разбора генома.
- Районы поиска сигнала
- Найденные мотивы
- Сравнение мотивов, найденных разными способами

Отчёт выложить в виде файла в свою директорию на kodomo в поддиректорию term6/motifs не позднее 10:00 13 апреля.