Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Словарик (ААл)

• Абсолютно консервативная позиция (колонка) выравнивания - та, в которой во всех последовательностях один и тот же остаток.

• Консервативная позиция выравнивания - та, в которой в большинстве последовательностей один и тот же остаток; измеряется в процентах, можно сказать "позиция консервативна на 70%"

• Абсолютно функционально консервативная позиция - та, в которой во всех последовательностях остаток из одной и той же группы (например, I, L, V, M). Группы могут задаваться разными способами (например, группу I, L, V, M можно расширить до всех гидрофобных)

• Гомология аминокислотных остатков из последовательностей родственных белков - происхождение их кодонов от одного кодона гена - общего предка генов данных белков. На практике проверить гомологичность остатков невозможно (кроме лабораторных экспериментов). Да и теоретически некоторые эволюционные могут не укладываться в это определение (придумайте какие!), но они редки. Поэтому о гомологичности остатков судят по сходству последовательностей, их содержащих.

• Блок достоверного выравнивания, или просто блок - выравнивание фрагментов последовательностей, позволяющее ожидать гомологию между отдельными остатками из всех последовательностей для каждой колонки. Значит, фрагменты должны быть похожи по последовательности и выравнивание блока должно содержать много абсолютно консервативных или функционально консервативных позиций.

Блок не может содержать гепов, так как иначе у каких-то остатков нет гомологов в других последовательностях.

Блок не может быть коротким, так как совпадение коротких последовательностей может быть случайным. Для ориентировки: блок из пяти колонок с тремя абсолютно консервативными позициями и включающий более трех разных последовательностей уже можно считать достоверным. Точных критериев достоверности нет.

Чем длиннее блок, тем больше консервативных позиций в нем нужно найти, чтобы поверить в его достоверность (почему?).

Чем меньше последовательностей в блоке, тем больше консервативных позиций в нем нужно найти, чтобы поверить в его достоверность (почему?).

• Вертикальный блок выравнивания - тот, в который входят фрагменты из всех последовательностей

Подсказки по Jalview и вообще (ДД)

• Некоторые мои советы по пользованию программой Jalview для просмотра выравниваний см. на странице предыдущего курса.

• Может быть, кому-то пригодится также прошлогодняя презентация про выравнивания.

Разное

• Быстрое получение последовательности из Uniprot на kodomo:

  seqret das:uniprot:O42349, O42349 - код доступа (AC); можно использовать также идентификатор (ID).