Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Excel-1

Создайте веб-страницу Excel на своем сайте.

Задание 1. Выполнить не менее чем по одному упражнению из каждого блока

Таким образом, для зачёта минимальное число выполненных упражнений — шесть.

Упражнения

• На веб-странице поставьте ссылку на Excel файл с выполненными упражнениями
• Одно упражнение — на одном листе файла
• Название листа должно быть говорящим, но коротким. Не используйте русские буквы и пробелы!
• Упражнение можно сдать на занятии. Это не исключает необходимости поставить ссылку на файл на веб-странице.

Задание 2: составьте таблицу, в которой для каждой плазмиды указан род и вид организма-хозяина

• В отчет включите:
  • ссылку на файл .xlsx (или Google Sheet, сделав этот документ Public — открытым на чтение для всех), в котором:
    • лист "plasmids" содержит необходимую информацию;
    • лист "genera" (множественное от genus) содержит таблицу со списком родов и числом плазмид в каждом роде;
    • лист "info" содержит данные для ответов на вопросы:
      • сколько плазмид известно в роде, к которому принадлежит ваша бактерия или архея?
      • сколько – в том же виде?
      • длина самой короткой плазмиды;
      • длина самой длинной плазмиды;
      • средняя длина плазмид;
      • медиана длин плазмид.
  • опишите (на веб-странице), что нового вы узнали о плазмидах (в т.ч. ответы на вопросы, сформулированные выше)?
  • как извлекали род из названия организма?
  • как составляли сводную таблицу по родам?
• Этапы.

  • Информацию о плазмидах следует скачать с сайта anonymous@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/genomes/GENOME_REPORTS/plasmids.txt по протоколу ftp; рекомендуется использовать FAR => Netbox

  • При импорте в Excel следите, чтобы числа с десятичной точкой не превратились в даты!!!
  • Итоговая таблица plasmids должна содержать следующие колонки:
    1. идентификатор – придумайте сами какой;
    2. название плазмиды;
    3. идентификатор записи с последовательностью в БД Refseq;

    4. то же — в INSDC;

    5. род организма-хозяина — первое слово в названии организма, если:

       • это слово начинается с заглавной буквы (если первый символ – кавычка, скобка или строчная буква, считаем, что ни род, ни вид для организма не определён, ставим прочерк "–");

       • это не слово "Candidatus" (если первое слово – "Candidatus", то родовым названием является второе слово, но "на тройку" в этом случае тоже можно поставить прочерк) .

    6. (*) колонка с названием вида — второе слово в названии организма (третье у Candidatus'ов); это задание является ДОПОЛНИТЕЛЬНЫМ.
    7. название организма и все остальные колонки из скачанного файла.
  • Создайте сводную таблицу genera.
  • Оформите веб-страницу практикума.
  • Заявите о готовности в очереди на проверку.