2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 3. Атлас аминокислот
В ходе данного задания мы предлагаем вам создать свой собственный графический атлас по аминокислотам.
Этапы работы:
1. Сегодня (01.03.16) до 23:59 разбиться на группы по 2-3 человека и записаться в табличку.
2. Завтра (02.03.16) до 23:59 вписать в ту же табличку ссылку(и) на страницу, на которой будет размещен отчет по вашей аминокислоте.
3. До следующего занятия (15.03.16) наполнить свою страницу контентом.
Формат отчета:
html страница (наличие двух (Ru/En) и более языковых вариантов будет плюсом) с текстовым содержимым и графическими иллюстрациями, полученными при помощи jmol.
Страница с описанием аминокислоты должна содержать следующую информацию:
Введение:
- Тривиальное название на русском и английский языках
- Трех и однобуквенные коды
- Химическую формулу
- Изображение в шариково-стержневой модели с подписанными именами тяжелых атомов + jmol-апплет с соответствующей моделью
- Описание с перечислением ключевых физико-химических параметров
В качестве образца можно рассматривать страницы с Википедии. Образец, но не копипасту!
Информация о физико-химических свойствах:
- Название по IUPAC
- Химическая формула
- Брутто-формула
- Молярная масса
Ссылку на идентификатор в базе данных PubChem
- pKa с изображениями всех соответствующих (де)протонированных форм и именами тяжелых атомов + добавить кнопки для их отображения в jmol-апплете.
Чтобы в PDB файле присутствовали протоны, надо искать структуры с разрешением < 1.2A. Если не получается найти структуры протонированных форм, подумайте, как сделать их самостоятельно.
Информация о белок-белковых контактах:
В зависимости от конкретной аминокислоты вам необходимо самостоятельно найти и изобразить примеры всех возможных контактов для данной аминокислоты со всеми возможными другими аминокислотами.
например Asp vs Arg, Asp vs Lys, Asp vs Ser и т.д. Отдельное внимание обратите на возможность появления/потерю контактов у (де)протонированных форм!
Интересующие нас типы контактов:
- Ковалентные связи
- Водородные связи
- Солевые мостики
- Гидрофобные ядра (используйте сервис CRUD)
Там, где это разумно (например для водородных связей), необходимо отобразить геометрические параметры контактов.
Для отображение используйте JMOL-апплет со скриптом:
- который последовательно показывает все перечисленные контакты
- показывает имена тяжелых атомов аминокислот, вовлеченных во взаимодейтсвие
- при помощи команды "echo" выводит строку, содержащую:
- тип контакта
- PDB ID структуры
- номера и трехбуквенные коды аминокислот, вовлеченных во взаимодейсвтие.
- Апплет также должен иметь кнопки "Запустить скрипт" и "Сохранить изображение".
Информация о днк-белковых контактах:
Аналогично предыдущему пункту.
Ссылки на источники:
Вся использованная литература или ресурсы.
Предварительный набросок того, как может выглядеть страница, можно увидеть здесь