Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Подсказки к заданию 1

Создайте рабочую директорию H:/term3/block1/pr2.

Программу Putty (если у кого ссылка на неё ещё не выставлена на Desktop) можно найти с помощью стандартных средств поиска Windows (Start -> Search -> All files and folders). Пароль и login для доступа на машину kodomo.cmm.msu.ru те же, что и для входа в ваш домен.

Команда ls покажет содержание текущей директории. Команда cd term3/block1/pr2 позволит перейти в рабочую директорию.Для начала работы с программой fiber запустите (в командной строке) команду

   1  fiber -h

Выберите параметры и опции, необходимые для построения ваших структур. Для ввода последовательности ДНК используйте клавиатуру.


Подсказки к заданию 2

Имейте в виду, что большая бороздка не обязательно шире малой (но обязательно глубже). Где какая бороздка, разберитесь визуально.

Ширина бороздки определена для конкретного нуклеотида в достаточно регулярной структуре. Это расстояние от атома фосфора данного нуклеотида до некоторого фосфора комплементарной цепи - такого, что расстояние до соседних фосфоров несколько больше.


Подсказки к заданию 3 (работа с 3DNA)

Пакет 3DNA — один из популярных пакетов программ для анализа и простейшего моделирования структур нуклеиновых кислот.

В пакет входят программы для

Предлагаемая вам версия пакета работает в операционной системе LINUX. Все программы совместимы, т.е. можно написать скрипт, последовательно выполняющий ряд команд, и конвейер (pipe), передающий выходной файл одной программы на вход другой

Запуск любой программы пакета с опцией -h выведет на экран краткое описание программы и подсказку к ней.

Для анализа структур нуклеиновых кислот будем использовать программы find_pair и analyze.

Программа find_pair определяет спаренные основания и положения спиралей в структуре. Синтаксис:

   1 find_pair -t XXXX.pdb XXXX.fp   

(не забудьте об опции -t ,т.к. часто модифицированные нуклеотиды РНК описаны в поле HETATM, а не ATOM!)

Полученные данные необходимы для работы analyze. Можно перенаправить результат работы find_pair на вход программе analyze:

   1 find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze 

В файл staking.pdb будут записаны преобразованные координаты всех динуклеотидных пар, их используют для получения общепринятого изображения стекинг-взаимодействий. Для получения такого изображения нужно

   1  ex_str -8 stacking.pdb step8.pdb

   1  stack2img -cdolt step8.pdb step8.ps

Получившийся ps-файл можно непосредственно импортировать в документ Word. Чтобы вставить картинку в HTML-документ, придётся открыть ps-файл ассоциированной программой Ghost и конвертировать картинку в формат PNG или JPEG.

Программа pdb2img даст изображение полной структуры нуклеиновой кислоты, в котором нуклеотиды представлены как блоки. Чтобы выбрать необходимые параметры и опции программы pdb2img, запустите её с опцией -h и внимательно прочитайте выданную подсказку.

Для поворота молекулы можно использовать программу rotate_mol.

Желающие могут почитать подробное описание пакета (в формате pdf).