Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Советы по выполнению задания 2

2a. Построение карты локального сходства

2b. Построение нуклеотидного пангенома

Как выбрать геномы

Описываю действия, считая, что пакет NPG-explorer установлен на компьютере. Например, он установлен на kodomo.

Особенность интерфейса NPG-explorer состоит в том, что все файлы лежат в одной директории и имеют фиксированные имена. Поэтому имена входных и выходных файлов, как правило, не указываются. Все программы должны быть запущены из специально созданной директории, содержащей созданный вами файл genomes.tsv

План действий коротко

#

Действие/команда

Результат

0

Выбрать геномы для сравнения

 —

1

Зайти на kodomo или установить NPG-explorer на свой компьютер

 —

2

Создать новую директорию

Для примера, ricketssii_npg

3

Создать файл genomes.tsv в директории ricketssii_npg

Файл с информацией откуда брать последовательности геномных ДНК и аннотации генов

4

npge -g npge.conf

Создает файл npge.conf с параметрами; в нем можно изменять значения параметров

5

npge Prepare

Скачать и переименовать геномные ДНК

6

npge Examine

Создает файл examine/identity_recommended.txt с оценкой сходства геномов

7

Коррекция параметров WORKERS, MIN_IDENTITY (возможно, и MIN_LENGTH)

WORKERS = 1 для kodomo; MIN_IDENTITY в соответствии с рекомендацией, п.6

7

npge MakePangenome

Нуклеотидный пангеном в файле pangenome/pangenome.bs

8

npge PostProcessing

Много файлов с аналитической информацией о пангеноме

9

qnpge

Визуализация пангенома

Как подготовить единственный входной файл genomes.tsv

all:embl:CP003309       Hino    chr1    c       Rickettsia rickettsii str. Hino
all:refseqn:CP003318.1  Hauke   chr1    c       Rickettsia rickettsii str. Hauke
all:embl:CP003311       Hlp2    chr1    c       Rickettsia rickettsii str. Hlp2
all:file:Rrickettsii_genomes/CP000766   Iowa    chr1    c       Rickettsia rickettsii str. Iowa 

Параметры, которые можно менять в файле npge.config

npge MakePangenome выдает на stdout протокол выполнения. Рекомендуется его сохранить в файле: npge MakePangenome > log

Аналитические файлы с полезной информацией

Визуализатор qnpge запускается в рабочей директории (ricketssii_npg в примере) БЕЗ ПАРАМЕТРОВ.

описание повторов - на 1-2 примерах r-блоков;