Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Вопросы

В билете будет 5 вопросов, по одному из раздела

Для всех: ответить на не зачтенные вопросы контрольной практ. 8 или аналогичные из других вариантов.

1. Секвенирование по Сангеру

1. ПЦР: необходимые компоненты для реакции и результат
2. Компоненты для проведения секвенирования
3. Этапы секвенирования по Сангеру
4. В позиции хроматограммы два пика сравнимой высоты и это не ошибка секвенирования. Приведите возможные причины.
5. На что надо обращать внимание при анализе хроматограммы
6. Объсните что такое качество прочтения нуклеотида и от чего оно зависит

2. Банки нуклеотидных последовательностей

1. История секвенирования: первая последовательность, первый геном, геном человека
2. Полные геномы и геномные проекты сегодня. Примерно сколько геномов?
3. Геном, экзом, транскриптом, метилом, Chip-seq — объясните термины.
4. Зачем нужны полные геномы? Приведите пример.
5. Прочтения (риды), контиги, скэффолды, N50, L50 — объясните термины
6. Примерные размеры геномов человека, бактерии, вируса
7. Перечислите основные банки нуклеотидных последовательностей
8. Биопроект, биообразец, сборка (assembly), SRV — объясните темины

3. BLAST

1. Что такое вес в битах, и чем он лучше обычного веса выравнивания?
2. E-value (Expected) — объясните смысл этого параметра
3. За счет чего BLAST работает быстро?
4. Перечислите все разновидности BLAST
5. Зачем нужны разновидности нуклеотидного (НК против НК) BLAST?
6. Приведите примеры трех задач, для решения которых нужны разные виды BLAST
7. Перечислите входные параметры, которые надо контролировать при запуске BLAST
8. Зачем нужен BLAST НК против НК через трансляции в 6 рамках?

4. EMBOSS

• Для всех: выполнить указанную команду из списка задания 1 практикума 9.
• Универсальный адрес последовательности — приведите примеры
• Что такое Listfile? Как его указывать во входных параметрах?
• Назовите группы параметров. Как вызывать help'ы?

5. Выравнивание геномов

1. На примере объясните карту локального сходства для двух геномов бактерий
2. Перечислите крупные эволюционные события, наблюдающиеся в геномах