Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Подсказки к заданиями первого блока


Подсказки к заданию 1 (предсказание вторичной структуры тРНК)

  1. Работа с einverted не должна вызвать затруднений (помните про замечательную опцию -h!).
    Если программа не находит (или, по вашему мнению, находит мало) инвертированных повторов, попробуйте уменьшить значение параметра "Minimum score threshold".


Подсказки к заданию 2 (поиск ДНК-белковых контактов)

Внимание! Обозначения атомов в в старом и новом формате могут отличаться!! Работайте все время с одним форматом!

К упр.2

Найден баг RasMol, несмотря на имя атома OP1, он его переименовывает в O1P

определит множество атомов кислорода в остатках фосфорной кислоты. К определениям, использующим знак "?", лучше всегда добавлять "and dna", поскольку в файле могут оказаться лиганды с похожими названиями атомов.
Аналогичным образом определите множества атомов кислорода и углерода в остатках рибозы.
Множества атомов одного азотистого основания, обращенных в сторону большой и малой бороздок, вы определяли в задании 6, упр.1. Остается только объединить ваши результаты с результатами однокурсников для получения предопределенных множеств всех 4-х оснований!
После того, как все необходимые множества определены, с помощью команды select within( <порог расстояния>, <множество>) и элементарных логических операций над множествами определите количество контактов каждого типа и заполните таблицу.

Рекомендуем писать скрипт! Работа большая, исправить ошибку в скрипте просто, а без скрипта придется все делать заново!

В начале скрипта имеет смысл написать команды, показывающие ДНК в остовной модели, а затем команды, последовательно показывающие атомы из каждого определенного множества в виде небольших шариков. Так легче поймать ошибку в определении множества. Используйте команду pause для просмотра результата выполнения каждой команды.

К упр.3

Программа работает только со старым форматом PDB !!(используйте программу remediator).
Синтаксис запуска уточните, запустив nucplot без параметров. Схема контактов будет представлена в формате Postscript (ps). Просмотрите изображение ассоциированной программой GSview и сохраните картинку в формате JPG.