Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2015

• ...

Занятие 10

Отчёт по занятию должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра, до 23:59 4 мая (пятница) 2018 г. Записывайтесь в очередь на проверку!

1. Работа с KEGG PATHWAY

Выберите для дальнейшей работы один из следующих биохимических путей:

1. Метаболизм инозитолфосфата;
2. Метаболизм простых эфиров (ether);
3. Биосинтез лизина;
4. Метаболизм глутатиона;
5. Метаболизм пантоненовой кислоты и КоА;
6. Биосинтез каротиноидов;

7. ... или какой-нибудь другой, который нравится! Полный список путей можно увидеть, щелкнув на ссылку KEGG PATHWAY на главной странице БД KEGG.

Вставьте на страницу заголовок: "Общие сведения о метаболическом пути XXX". Под этим заголовком сделайте следующее:

• Вставьте на свою страничку рисунок с картой метаболического пути. В подписи к рисунку обязательно приведите ссылку на базу данных KEGG с указанием идентификатора данной карты (обычно что-то вроде mapXXXXX).

• Напишите краткую характеристику пути на русском языке (можно посмотреть, что про путь написано на соответствующей странице KEGG, можно посмотреть в учебниках/Википедии): например, для чего он нужен организмам; какие вещества являются для данного пути начальными, а какие - конечными и т.п. Помните, что краткость и информативность приветствуется.
• Посмотрите, с какими другими путями выбранный вами путь связан по данным базы KEGG, через какие вещества осуществляется эта связь? Выделите эти вещества на рисунке любым удобным способом (можно, например, подчеркнуть их каким-то цветом, или подрисовать стрелки; не забудьте в подписи к рисунку указать, что означают эти обозначения!).

Вставьте на страницу заголовок: "Метаболический путь XXX в разных доменах жизни"

• Из списка организмов, доступных для рассмотрения в БД KEGG, выберите три организма: любую бактерию, любую архею и любого эукариота. Укажите на странице латинские и русские (при наличии) названия этих организмов, а также несколько менее крупных таксономических групп (филум, класс и т.п.), к которым относятся эти организмы.
• Получите карты KEGG для каждого из этих организмов и вставьте их на страницу (с соответствующими подписями). Ответьте на несколько вопросов:
  • Присутствуют ли какие-нибудь ферменты, относимые к данному пути, у каждого из выбранных организмов?
  • Образуют ли они цепи последовательных реакций?
  • Если цепи последовательных реакций имеются, то ведут ли они от указанных вами выше начальных для данного пути веществ к конечным?
  • На основании этого сделайте предположение о том, способны ли выбранные организмы осуществлять данный путь (целиком, его отдельные части)?

2. Работа с KEGG REACTION

Вставьте на страницу заголовок: "Реакция <...> в базе данных KEGG" (где вместо <...> напишите разумное название данной реакции: например, реакция окисления такого-то вещества, или реакция восстановления другого-то вещества).

• Для выбранного в задании 1 метаболического пути найдите любую реакцию, в которой принимает участие один из кофакторов окислительно-восстановительных реакций (НАД, ФАД, ФМН, хиноны...).

• Сохраните ссылку на страницу данной реакции в БД KEGG REACTION и ее идентификатор (он имеет формат Rxxxxx).

• Покажите данную реакцию на рисунке метаболического пути (можно прямо на первом же рисунке ее выделить, а тут просто сослаться на рисунок, а можно вставить новый рисунок). См. подсказку ниже как сделать это удобно и красиво.

• Вставьте на страницу изображение реакции с изображениями структурных формул веществ и подписанными русскими названиями участвующих веществ. Будьте готовы показать на химических структурах те изменения, которые происходят с веществами в ходе реакции (это может быть вопрос на коллоквиуме).