2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016
2015
Практикум 10. Выравнивание
1. Исследуйте как сказываются на последовательности белка локальные мутации в кодирующей последовательности
Каждая мутация выполняется в гене вашего белка.
- Сохраните (в ~/term2/block3/pr10) последовательность гена вашего белка (см. указания)
- Для к каждой предлагаемой мутации
- Выполните предлагаемую мутацию и сохраните "мутированный ген", добавив к имени файла номер мутации ()
- Транслируйте мутированный ген
- Постройте парное выравнивание своего белка с мутированным
- Внесите результат в таблицу
- Прокомментируйте результаты
Предлагаю следующие мутации в гене.
- 1-5. Пять одиночных замен нуклеотидов: в нуклеотидах 21-м, 31-м, 41-м, 51-м, 60-м
- 6. Делеция шести нуклеотидов начиная с 19го
- 7. Делеция шести нуклеотидов начиная с 20го
- 8. Делеция 20го нуклеотида
- 9. Вставка двух нуклеотидов за 20м нуклеотидом
- 10. Две мутации одновременно: делеция делеция 20го, вставка за 40м
- 11. Замена одного нуклеотида, приводящая к появлению стоп кодона
Приветствуется включение и анализ дополнительных мутаций по выбору студента.
Проверяется
- Заполненная таблица мутаций - файл XXXXXXX-table.xls или .xlsx (где XXXXXX - ваша фамилия) в директории term2/block3/credits
- Для каждой мутации с номером N изображение фрагмента выравнивания белков XXXXXX-mutation-N.png. Можно - если сумеете - включить эти изображения в таблицу.
- Summary на сайте
Дополнительное задание.