Задание 1. Escherichia coli. K-12 substr. MG1655 Старт-кодоны: 1) ‘ATG’: 3883 2) ‘ATT’: 4 3) ‘CTG’: 2 4) ‘GTG’: 334 5) ‘TTC’: 1 6) ’TTG’: 78 Самый редкий старт-кодон ‘TTC’ – псевдоген. Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 Старт-кодоны: 1) ‘ACA’: 1 2) ‘ATG’: 1129 3) ‘GTG’; 41 4) ‘TCA’: 1 5) ‘TCT’: 1 6) ‘TTG’: 23 Самые редкие старт-кодоны (‘ACA’, ‘TCA’, ‘TCT’) также являются псевдогенами. Mycoplasma pneumoniae M29 Старт-кодоны: 1) ‘ACC’: 2 2) ‘ATA’: 2 3) ‘ATC’: 3 4) ‘ATG’: 634 5) ‘ATT’: 4 6) ‘CTG’: 4 7) ‘GTG’: 62 8) ‘GTT’: 1 9) ‘TTA’: 2 10) ‘TTG’: 40 Одни из редчайших старт-кодонов (‘ACС’, ‘ФЕФ’, ‘GTT’) вновь являются псевдогенами.
Вывод: 1) Первый нуклеотид не всегда важен в определении старт-кодона, поэтому довольно распространены старт-кодоны GTG и TTG. Замена А на G – не что иное, как замена пурина на пурин, она происходит чаще, поэтому GTG встречается чаще. 2) Редко встречающиеся кодоны ‘ATT’, ‘ATC’ кодируют функциональные белки. Эта мутация - нейтральная, так как пиримидин, в итоге, меняется на пиримидин.
Задание 2.
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 lcl|U00096.3_cds_249 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=CP4-6 prophage; IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS] Псевдоген. lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1457 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS] lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3815 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS] lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3987 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS] Во всех трех вышеперечисленных случаях - ген формиат дегидратазы, содержащей селеноцистеин, кодируемый особым стоп-кодоном при наличии после него специальной последовательности.
Задание 3.
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 TGA 1241 TAA 2756 TAG 303 Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 TGA 1 TAA 1000 TAG 188 Mycoplasma pneumoniae M29 TGA 0 TAA 531 TAG 210 Выводы У бактерии второй бактерии TGA встречается всего 1 раз в качестве стоп-кодона, а у третей не встречается вовсе. При анализе геномов выяснилось, что встречаемость его в качестве функционального кодона гораздо выше. Следовательно, можно сделать вывод, что он кодирует аминокислоту, глицин.
Задание 4.
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 1) ‘TTA’: 18484 2) ‘TTG’: 18283 3) ‘CTT’: 14719 4) ‘CTC’: 14926 5) ‘CTA’: 5201 6) ‘CTG’: 71198 Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 1) ‘TTA’: 14767 2) ‘TTG’: 3237 3) ‘CTT’: 9333 4) ‘CTC’: 3968 5) ‘CTA’: 3357 6) ‘CTG’: 1714 Mycoplasma pneumoniae M29 1) ‘TTA’: 10302 2) ‘TTG’: 5601 3) ‘CTT’: 2798 4) ‘CTC’: 3161 5) ‘CTA’: 2848 6) ‘CTG’: 2473
Задание 5.
Задание 6.
Самые частые последовательности перед старт кодоном: ‘AAGGAG’: 175 ‘AAGGAG’: 177 ‘ATGAAA’: 273 ‘GAAAAA’: 187 ‘TGAAAA’: 195
Мы можем наблюдать последовательность Шайна-Дальгарно. С ее помощью рибосома перестает искать старт-кодон на информационной РНК, что знаменует начало трансляции.