Решение заданий практикума №4

Задание 1. Переброска файла на свой компьютер

• Перешёл в "оболочку" sftp kodomo следующим образом:

sftp george-lepsaya@kodomo.fbb.msu.ru

• Затем перешёл в директорию credits и просмотрел файлы, которые в ней расположены:

sftp> cd term1/block1/credits
sftp> ls
Lepsaya-pr3-1.txt   Lepsaya_image.jpeg 

• Нужный мне файл перебросил с kodomo на свой компьютер:

sftp> get Lepsaya_image.jpeg
Fetching /home/students/y20/george-lepsaya/term1/block1/credits/Lepsaya_image.jpeg to Lepsaya_image.jpeg
/home/students/y20/george-lepsaya/term1/block 100%   74KB   1.3MB/s   00:00   

• Поскольку изначально я был в директории Macintosh HD/Пользователи/georgelepsaya на своём компьютере, то файл Lepsaya_image.jpeg был скопирован именно туда. На изображении я увидел древнего кита.

Задание 2. Переброска файла со своего компьютера

• На фотографии Роберт Де Ниро и Мартин Скорсезе на съёмках фильма "Taxi Driver".

Задание 3. Работа с масками файлов и перенаправлениями

• Количество файлов: 88.

1. Чтобы посчитать количество файлов в директории /P/y20/term1/pr4/files, сначала можно их просмотреть (здесь и далее username - любое имя пользователя для обобщения):

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls

2. Затем с помощью конвейера (|, pipe) мы перенаправляем выход команды ls, то есть текст с названиями файлов, полученный со стандартного ввода, к команде wc с опцией -w, чтобы посчитать именно количество слов (файлов) из вывода ls:

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | wc -w
88

3. На всякий случай можно просмотреть, что передаётся на выполнение команде wc -w, с помощью команды less:

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | less

• Число строк, заканчивающихся на .txt: 14.

1. Для того, чтобы отобрать слова из файла, содержащие сочетание определённых символов, используется программа grep. Переводим вывод ls в ввод для grep .txt, где .txt - интересующее нас сочетание символов (в конце слова). Затем получившийся набор передаём на выполнение команде wc -w:

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | grep .txt$ | wc -w
14

2. Убедиться в правильности можно просмотрев набор искомых файлов:

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | grep .txt$

• Объединение файлов .fasta.

1. Создаём файл, куда будет записано в дальнейшем содержимое нужных файлов:

username@kodomo:~/term1/block1/credits$ > Lepsaya_all.fasta
username@kodomo:~/term1/block1/credits$ ls
Lepsaya-pr3-1.txt  Lepsaya_all.fasta  Lepsaya_image.jpeg  Lepsaya_photo.jpeg

2. Переходим в директорию /P/y20/term1/pr4/files:

username@kodomo:~/term1/block1/credits$ cd /P/y20/term1/pr4/files

3. Перенаправляем содержимое файлов, заканчивающихся на .fasta в файл Lepsaya_all.fasta. Затем можно перейти к этому файлу и просмотреть содержимое:

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta > /home/students/y20/george-lepsaya/term1/block1/credits/Lepsaya_all.fasta
username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cd /home/students/y20/george-lepsaya/term1/block1/credits
username@kodomo:~/term1/block1/credits$ less Lepsaya_all.fasta

Задание 4. Программа grep

• Файлы на '>'.

1. Создаём файл Lepsaya_all.names в директории credits:

username@kodomo:~/term1/block1/credits$ > Lepsaya_all.names

2. С помощью программы grep находим те строки файла Lepsaya_all.fasta, которые начинаются на >, и передаём их Lepsaya_all.names. Чтобы убедиться, можно просмотреть файл:

username@kodomo:~/term1/block1/credits$ grep '^>' Lepsaya_all.fasta >  Lepsaya_all.names
george-lepsaya@kodomo:~/term1/block1/credits$ less Lepsaya_all.names

• Строки на '>' в каждом файле на .fasta.

1. Воспользовался программой grep -c, чтобы найти количество строк, начинающихся на > во всех файлах в директории /P/y20/term1/pr4/files:

username@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep -c '^>' *.fasta
1.fasta:1
Xax229_230.fasta:2
pan1_mouse.fasta:1
pan3_mouse.fasta:1