Отчет по тринадцатому практикуму:
Задание 1.
1. Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
ATG – 3883
GTG – 334
TTG – 78
ATT – 4
CTG – 2
TTC – 1
2. Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64:
ATG – 1129
GTG – 41
TTG – 23
TCA – 1
TCT – 1
ACA – 1
3. Mycoplasma pneumoniae M29:
ATG – 634
GTG – 62
TTG - 40
ATT – 4
CTG – 4
ATC – 3
ATA – 2
ACC – 2
TTA – 2
GTT – 1
У всех трех бактерий в большинстве случаев старт-кодоном является ATG, также встречаются GTG и TTG. Все кодоны образуются из-за замены первого нуклеотида в стандартном ATG. Вероятно, это является способов пометки определенных генов.
Задание 2
1. lcl|U00096.3_cds_249 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=CP4-6 prophage; IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]
2. lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1457 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]
3. lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3815 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]
4. lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3987 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]
Первая - пвсевдоген. Три последние последовательности кодируют ген ответственный за встраивание селеноцистеина.
Задание 3
1. Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655:
TAA - 2756
TAG - 303
TGA - 1241
2. Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64:
TAA - 1000
TAG - 188
TGA - 1
3. Mycoplasma pneumoniae M29:
TAA – 531 TAG - 210 TGA - 0
У двух последних бактерий кодон TGA является кодировщиком аминокислоты глицин.
https://journals.belozersky.msu.ru/biochemistry-content/d/1999/12/1593-1606.pdf
Задание 4.
1. Escherichia coli:
CTA-5201
CTC-14926
CTG-71198 CTT-14719
TTA 18484
TTG 18283
Наиболее часто встречающимся кодоном является CTG
2. Candidatus Gracilibacteria: CTA-4861
CTC-4491
CTG-4147
CTT-8053 TTA-15077
TTG-8048
Наиболее часто встречающимся кодоном является TTA
3. Mycoplasma pneumoniae:
CTA-3619 CTC-2168
CTG-3220
CTT-5267
TTA-8959 TTG-6679
Наиболее часто встречающимся кодоном является TTA Имеются значительные различия во встречаемости синонимичных кодонов.
1. Думаю, что это связано с ускорением различных биологических процессов (например процесс трансляции) при использовании одного вида кодонов.
2. В разных же бактериях прежде всего на это влияет различие в генетическом материале.
Задание 5.
Минимум - 1513000
Максимум – 3870000
Примерно в этой области и находятся значения oriC и ter. Точка минимума - точка начала репликации. Точка максимума - точка терминации.