13 практикум
Задание 1.
|
Escherichia coli |
Candidatus Gracilibacteria |
Mycoplasma pneumoniae |
|||
ATG |
3890 |
1129 |
627 |
|||
GTG |
338 |
41 |
60 |
|||
TTG |
80 |
23 |
49 |
|||
ATT |
4 |
0 |
7 |
|||
CTG |
2 |
0 |
2 |
|||
TTC |
1 |
1 |
1 |
|||
ACA |
0 |
1 |
1 |
|||
TCA |
0 |
1 |
0 |
|||
ATA |
0 |
0 |
3 |
|||
CTC |
0 |
0 |
3 |
|||
TCC |
0 |
0 |
2 |
|||
AAA |
0 |
0 |
1 |
|||
ACT |
0 |
0 |
1 |
|||
ATC |
0 |
0 |
1 |
|||
CAA |
0 |
0 |
1 |
|||
CAC |
0 |
0 |
1 |
|||
CTA |
0 |
0 |
1 |
|||
GAA |
0 |
0 |
1 |
|||
GTT |
0 |
0 |
1 |
|||
TCT |
0 |
0 |
1 |
|||
TGA |
0 |
0 |
1 |
|||
TTA |
0 |
0 |
1 |
|||
Часть старт-кодонов отличается от ATG всего на один нуклеотид, что не редкость среди бактерий. Некоторые старт-кодоны находятся в генах кодирующих псевдогены. Основная причина вариации старт-кодонов - лучшая регуляция синтезе белков для разных целей.
== Задание 2. ==
Escherichia coli: Стоп-кодон встречается (помимо конца) в "lcl|U00096.3_cds_b4587_250"; "lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459"; "lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824"; "lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997".
В описании указано, что один из этих генов - псевдоген, а остальные 3 кодируют формиат-дегидрогеназу N, O и H. В их случае стоп-кодон не останавливает трансляцию, а кодируют аминокислоту силеноцестеин.
Задание 3.
|
Escherichia coli |
Candidatus Gracilibacteria |
Mycoplasma pneumoniae |
|||
AAA |
0 |
1 |
1 |
|||
AAT |
0 |
0 |
1 |
|||
ACA |
0 |
1 |
0 |
|||
ACT |
0 |
0 |
1 |
|||
ATA |
1 |
0 |
1 |
|||
CCC |
0 |
0 |
1 |
|||
CGG |
0 |
0 |
1 |
|||
CTA |
0 |
0 |
1 |
|||
CTT |
0 |
1 |
0 |
|||
GAA |
1 |
1 |
0 |
|||
GAT |
0 |
0 |
1 |
|||
GGC |
0 |
0 |
1 |
|||
GGG |
0 |
0 |
5 |
|||
GGT |
0 |
0 |
3 |
|||
TAA |
2761 |
1000 |
526 |
|||
TAC |
0 |
0 |
1 |
|||
TAG |
306 |
188 |
220 |
|||
TAT |
0 |
0 |
1 |
|||
TCT |
0 |
2 |
0 |
|||
TGA |
1246 |
1 |
0 |
|||
TTA |
0 |
1 |
1 |
|||
Candidatus Gracilibacteria - TGA кодирует глицин.
Mycoplasma pneumoniae - TGA кодирует триптофан.
Задание 4.
|
Escherichia coli |
Candidatus Gracilibacteria |
Mycoplasma pneumoniae |
|||
CTA |
0.39% |
0.85% |
1.09% |
|||
CTC |
1.12% |
1.01% |
1.21% |
|||
CTG |
5.33% |
0.43% |
0.95% |
|||
CTT |
1.1% |
2.37% |
1.07% |
|||
TTA |
1.38% |
3.74% |
3.96% |
|||
TTG |
1.37% |
0.82% |
2.14% |
|||
Разница внутри бактерии - регуляция экспрессии генов. У бактерий эволюция независима, поэтому самые частые кодоны и отличаются.
Задание 5.
Минимальное значение - -28.33 (ori точка), максимальное - 47.73 (ter точка). ссылка
Задание 6.
AAAGGA |
1720 |
|
AGGAGA |
1733 |
|
TAAGGA |
2055 |
|
AAGGAG |
2402 |
|
TTTTCA |
2529 |
|
TTTCAT |
3402 |
|
Самые популярные 6-меры Escherichia coli. Чаще всего встречаются пары AG, так как в 20 нуклеотидах до старт-кодона находится регуляторная последовательность для связывания рибосомы.