Практикум 13

Здесь вы можете увидеть задания 13 практикума. Ссылка на скрипты: https://drive.google.com/drive/folders/1asxX2wXurW6D27DJUzOhzNCRrTcz0q9X

Задание 1

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

ATG 3890

ATT 4

CTG 2

GTG 338

TTC 1

TTG 80

Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64

ACA 1

ATG 1129

GTG 41

TCA 1

TCT 1

TTG 23

Mycoplasma pneumoniae M29

AAA 1

ACT 1

ATA 4

ATC 1

ATG 629

ATT 8

CAA 2

CTC 2

CTG 1

GAA 1

GGA 1

GTG 60

GTT 1

TCT 1

TTA 3

TTG 53

Объяснение:

По всем результатам наиболее распространенным является все же стандартный ATG. Далее встречаются триплеты, которые отличаются на один нуклеотид (возможно, даже с отличающимся первым нуклеотидом), а после уже те, кто отличаются на 2 или целиком. Возможно, все отклонения - это результат мутаций.

Задание 2

lcl|U00096.3_cds_b4587_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]

У E. coli нашлось четыре CDS, у которых стоп-кодон встречается не в конце. IS911 — это транспозон, состоящий из двух перекрывающихся смещенных рамок считывания. А в форматдегидрогеназе у E. coli TGA кодирует селеноцистеин.

Задание 4

Escherichia coli

TTG 18301

CTG 71305

CTC 14952

TTA 18505

CTT 14728

CTA 5203

Candidatus Gracilibacteria

TTG 8048

CTG 4147

CTC 4491

TTA 15077

CTT 8053

CTA 4861

Mycoplasmoides pneumoniae

TTG 4487

CTG 2298

CTC 2362

TTA 7950

CTT 5771

CTA 2715

Частота встречаемости кодонов, кодирующих лейцин, различается как при рассматривании 1 бактерии, так и разных бактерий. Причиной тому могут быть свойства самих нуклеотидов(различия в GC-skew) или различный уровень экспрессии генов.