Практикум 5
Задание 1
Идентификаторы:
Uniprot |
Uniref50 |
RefSeq Proteins |
PDB |
ID - F0QTE2_VULM7; AC - F0QTE2 |
UniRef50_E1QV10 |
YP_004243986.1 |
Not exist |
Задание 2
Первая версия была создана третьего мая 2011 года. Последняя, 27-я, версия создана 4 марта 2015 года.
Добавлены 17 новых ссылок на другие базы данных:
Добавлено 6 строчек ключевых слов:
Добавлено название и краткое описание белка:
Так же добавлены 10 строк полезной информации ( функции, каталитическая активность, локализация в клетке и семейство, к которому принадлежит:
Задание 3
Гомологи встречаются у разных видов одного рода. Функции одинаковы. Размер незначительно различается( на 1-2 аминокислотных остатка).
Таблица с информацией о гомологах
Задание 4
Примеры представления различных явлений в записи UniProt:
Явление |
Обозначение |
Пример |
Полиморфизм, варианты последовательности |
FT VARIANT 41 41 R -> Q |
|
Аминокислотные остатки, участвующие в связывании иона металла |
FT METAL 115 115 Calcium. |
|
Удаление инициаторного метионина |
FT INIT_MET 1 1 Removed. |
|
Дисульфидные связи в белке |
FT DISULFID 41 77 |
|
Сайты белка, участвующие в связывании с ДНК |
FT DNA_BIND 9 79 HMG box 1. |
|
Изоформы белка - продукты альтернативного сплайсинга |
FT VAR_SEQ 313 338 Missing (in isoform 10). |
|
Пост-трансляционная модификация белка |
FT CARBOHYD 3 3 N-linked (GlcNAc...); by host. |
|
Селеноцистеин в последовательности белка |
FT NON_STD 196 196 Selenocysteine. |
|
Пирролизин в последовательности белка |
FT NON_STD 356 356 Pyrrolysine. |